人類基因組在大約 20 年前被測(cè)序。從那時(shí)起，編碼我們蛋白質(zhì)的序列信息是已知的——至少在原則上是這樣。然而，這些信息并不是連續(xù)存儲(chǔ)在單個(gè)基因中，而是被分成更小的編碼部分。這些編碼部分，也稱為外顯子，在稱為剪接的過程中組裝。根據(jù)基因，不同的外顯子組合是可能的，這就是它們被稱為不同或替代剪接組合的原因。
幾乎所有 20,000 個(gè)人類基因都可以進(jìn)行選擇性剪接。在大腦中發(fā)現(xiàn)了種類特別多的不同剪接變體，這允許創(chuàng)造巨大的多樣性并使蛋白質(zhì)適應(yīng)特定要求。“然而，要確定實(shí)際存在哪些蛋白質(zhì)變體并不容易，”Andreas Reiner 說。“已經(jīng)拼接的信使 RNA (mRNA) 的測(cè)序，即所謂的 RNA-Seq 數(shù)據(jù)，現(xiàn)在越來越多地通過高通量方法獲得，提供了一條出路。”Robin Herbrechter 和 Andreas Reiner 現(xiàn)在使用這些數(shù)據(jù)來獲得所有離子型谷氨酸受體剪接變體的概覽。
檢測(cè)到新的谷氨酸受體變異
研究人員使用生物信息學(xué)方法將數(shù)十億 mRNA 序列片段與基因組對(duì)齊，以重建單個(gè)剪接事件的頻率。這種方法還使他們能夠檢測(cè)新的、以前未知的剪接變體。有不少驚喜：系統(tǒng)分析表明，在之前研究的模式生物小鼠和大鼠中發(fā)現(xiàn)的一些變異根本不會(huì)發(fā)生在人類身上，或者比之前假設(shè)的要少得多。
“在新發(fā)現(xiàn)的同種型中，有些特別令人興奮，因?yàn)樗鼈兣c以前已知的變體完全不同，因此可能具有新的功能，”Robin Herbrechter 說。這包括由 GluA4 AMPA 受體基因形成的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域，以及 delta 受體 1 (GluD1) 同種型的首次描述。雖然現(xiàn)在的重點(diǎn)將放在分析這些變體上，但還計(jì)劃進(jìn)行進(jìn)一步的生物信息學(xué)分析，例如確定哪些細(xì)胞類型產(chǎn)生不同的剪接變體。
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