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如何讓生物醫(yī)學研究數(shù)據(jù)能夠交互

導讀 互操作性的概念描述了不同系統(tǒng)進行通信的能力。這是生物醫(yī)學研究中的一個重大挑戰(zhàn),尤其是在個性化醫(yī)療領域,這主要基于對大量數(shù)據(jù)集的編譯

互操作性的概念描述了不同系統(tǒng)進行通信的能力。這是生物醫(yī)學研究中的一個重大挑戰(zhàn),尤其是在個性化醫(yī)療領域,這主要基于對大量數(shù)據(jù)集的編譯和分析。例如, 大流行表明,即使解除了技術、法律和道德限制,由于語義模糊,數(shù)據(jù)仍然難以分析。在瑞士個性化醫(yī)療網(wǎng)絡 (SPHN) 的支持下,并與所有五家瑞士大學醫(yī)院和 eHealth Suisse 的代表密切合作,由日內瓦大學 (UNIGE) 和日內瓦大學醫(yī)院 (HUG) 的科學家組成的團隊,與 SIB 瑞士生物信息學研究所和洛桑大學醫(yī)院 (CHUV) 合作,制定了被所有瑞士大學醫(yī)院和學術機構采用的國家基礎設施戰(zhàn)略。憑借其務實的方法,該策略基于通用語義框架的開發(fā),該框架不旨在取代現(xiàn)有標準,而是根據(jù)研究和相關合作伙伴的需求以協(xié)同和靈活的方式使用它們。該戰(zhàn)略的實施已經(jīng)開始,標志著在瑞士為真正個性化醫(yī)療刺激研究和創(chuàng)新邁出了關鍵一步。在期刊中閱讀更多內容該戰(zhàn)略基于通用語義框架的開發(fā),其目的不是取代現(xiàn)有標準,而是根據(jù)研究和相關合作伙伴的需要以協(xié)同和靈活的方式使用它們。該戰(zhàn)略的實施已經(jīng)開始,標志著在瑞士為真正個性化醫(yī)療刺激研究和創(chuàng)新邁出了關鍵一步。在期刊中閱讀更多內容該戰(zhàn)略基于通用語義框架的開發(fā),其目的不是取代現(xiàn)有標準,而是根據(jù)研究和相關合作伙伴的需要以協(xié)同和靈活的方式使用它們。該戰(zhàn)略的實施已經(jīng)開始,標志著在瑞士為真正個性化醫(yī)療刺激研究和創(chuàng)新邁出了關鍵一步。在期刊中閱讀更多內容JMIR 醫(yī)學信息學。

個性化醫(yī)療基于對大量數(shù)據(jù)的開發(fā)和分析,無論是基因組數(shù)據(jù)、流行病學數(shù)據(jù)還是醫(yī)學成像數(shù)據(jù),以提取意義。為了能夠做到這一點,交叉引用和聚合相互理解的數(shù)據(jù)是強制性的,即使它們來自非常不同的來源。

考慮到這一點,瑞士政府于 2017 年創(chuàng)建了瑞士個性化健康網(wǎng)絡 (SPHN),這是一項由瑞士醫(yī)學科學院與 SIB 瑞士生物信息學研究所合作的倡議,旨在促進該網(wǎng)絡的使用和交流。用于研究的健康數(shù)據(jù)。“盡管在過去十年中進行了大量投資,但仍然存在重大差異”,UNIGE 醫(yī)學院放射學和醫(yī)學信息學系主任兼 HUG 醫(yī)學信息科學系主任 Christian Lovis 說。“這就是為什么我們希望與我們的合作伙伴和 SPHN 一起提出一種足夠靈活的戰(zhàn)略和通用標準,以適應各種當前和未來的數(shù)據(jù)庫。”

三支柱戰(zhàn)略

我們根據(jù)三個主要標準進行交流:我們賦予事物的意義,因為我們必須在相互理解的共同基礎上達成一致;技術標準——我們說話的聲音;最后,用句子和語法組織意義和聲音,以可理解的方式構建交流。“就數(shù)據(jù)而言,這是一回事,Christophe Gaudet-Blavignac 解釋說,他是 Christian Lovis 領導的團隊的研究員。你必須就語義達成一致,從概念上表示必須傳達的內容。然后我們需要一種組合語言將這些含義與表達需要表達的一切所需的所有自由結合起來。最后,根據(jù)所涉及的項目和研究社區(qū),這將根據(jù)需要“轉換”為數(shù)據(jù)模型,

“因此,我們的目標是統(tǒng)一詞匯,以便它們可以用任何語法進行交流,而不是從頭開始創(chuàng)建一個新詞匯,每個人都必須重新學習”,Christian Lovis 說。“從這個意義上說,瑞士聯(lián)邦制是一個巨大的優(yōu)勢:它迫使我們想象一種可以在任何地方應用的去中心化戰(zhàn)略。因此,這種限制創(chuàng)造了開發(fā)一種不受當?shù)卣Z言、文化和法規(guī)影響的系統(tǒng)的機會。 ”這使得僅在最后一步應用特定數(shù)據(jù)模型以適應特定項目所需的格式成為可能——例如,在與美國團隊合作的情況下,食品和藥物管理局 (FDA) 格式,或特定國家或研究計劃使用的任何其他特定格式。

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