作為個性化醫(yī)療的一種方法，一項(xiàng)新的Nature Communications研究提出，DNA 修復(fù)的“突變足跡”是一種很有前途的預(yù)測遺傳標(biāo)記，用于確定哪些腫瘤會對某些療法產(chǎn)生反應(yīng)。
癌癥治療越來越依賴于個性化的方法，其中單個腫瘤的基因變化可用于確定最佳治療策略。迄今為止，在許多情況下，這些基因變化包括一種所謂的驅(qū)動突變，可以預(yù)測對藥物的反應(yīng)。例如，黑色素瘤中 BRAF 基因的突變預(yù)測對 BRAF 抑制劑藥物的反應(yīng)，而乳腺癌中 ERBB2 基因的擴(kuò)增預(yù)測對 ERBB 抑制劑藥物的反應(yīng)。
然而，這些成功的藥物標(biāo)志物的例子仍然相當(dāng)罕見。對于許多突變的驅(qū)動基因，沒有針對它們的特定藥物。此外，不同患者的腫瘤對藥物的反應(yīng)表現(xiàn)出很高的變異性，而這種變異性通常與驅(qū)動基因突變無關(guān)。
由 ICREA 研究員兼基因組數(shù)據(jù)科學(xué)實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人 Fran Supek 博士領(lǐng)導(dǎo)的 IRB Barcelona 的研究人員發(fā)現(xiàn)，所謂的突變特征可以準(zhǔn)確地預(yù)測應(yīng)用于來自多種腫瘤的癌細(xì)胞的各種藥物的活性。這些突變特征并非源自驅(qū)動基因;相反，它們反映了在整個腫瘤基因組中發(fā)現(xiàn)的一系列突變。例如，突變特征可以反映腫瘤難以復(fù)制或修復(fù) DNA，這可能使其更適合治療。
“我們使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法進(jìn)行了統(tǒng)計分析，同時考慮了癌細(xì)胞基因組、它們對各種藥物的反應(yīng)以及它們對基因編輯實(shí)驗(yàn)的反應(yīng)。令人驚訝的是，我們的分析表明‘經(jīng)典’遺傳標(biāo)記，如驅(qū)動基因突變或在預(yù)測藥物反應(yīng)方面，拷貝數(shù)變化通常不如突變特征遺傳標(biāo)記強(qiáng)大，”Supek 博士解釋說。
DNA修復(fù)缺陷使癌細(xì)胞更容易被許多藥物靶向
這項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)許多統(tǒng)計預(yù)測將觀察到的突變特征與對癌癥藥物的反應(yīng)(或缺乏)聯(lián)系起來。以前已知，所謂的 BRCA 基因中的某種類型的缺陷(可導(dǎo)致乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌)預(yù)示著對針對 BRCA 缺陷的藥物的反應(yīng)。這種缺陷還會在某些類型的缺失(去除的 DNA)的基因組中留下突變特征，這可能表明腫瘤可以通過靶向 BRCA 缺陷的藥物治療。
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