貝勒醫(yī)學院、麻省理工學院和哈佛大學布羅德研究所的研究人員以及圣路易斯華盛頓大學的臨床醫(yī)生已經確定了三陰性乳腺癌 (TNBC) 中與化療耐藥相關的生物標志物。該研究發(fā)表在《癌癥發(fā)現(xiàn)》雜志上，由美國國家癌癥研究所的臨床蛋白質組學腫瘤分析聯(lián)盟 (CPTAC) 資助。
“TNBC 是最難治療的乳腺癌形式，標準治療需要多種化療藥物，不幸的是，這些藥物往往無法治愈患者，”第一作者和共同通訊作者、萊斯特大學醫(yī)學助理教授 Meenakshi Anurag 博士說。貝勒的蘇史密斯乳房中心。“我們必須開發(fā)預測反應的方法，以便只提供有效的治療。此外，對標準藥物沒有反應的患者需要全新的治療方法。治療替代方案的發(fā)現(xiàn)將取決于對 TNBC 如何出現(xiàn)的新見解。”
研究小組使用他們之前開發(fā)的一種稱為“微尺度蛋白質組學”的創(chuàng)新分析方法(Satpathy 等人，2020 年)來分析在卡鉑和多西他賽聯(lián)合化療治療之前從 TNBC 患者身上采集的腫瘤活檢樣本。來自標準 DNA 和 RNA 測序方法的數(shù)據與基于質譜的蛋白質組學和磷酸蛋白質組學分析相結合，以得出治療反應性與治療抗性腫瘤的更完整的分子畫像。
“預處理活組織檢查的蛋白質組學分析獨特地揭示了與治療抗性相關的代謝途徑，包括脂肪酸代謝，”Anurag 說，他也是貝勒大學 Dan L Duncan 綜合癌癥中心的成員。當研究小組同時考慮蛋白質組學和基因表達數(shù)據時，他們觀察到對化療的敏感性以更高的 DNA 修復特征、干擾素 γ 信號傳導和免疫檢查點成分為標志。這些數(shù)據表明，化療反應的多組學預測指標是可以實現(xiàn)的。
然后，該團隊進行了分析，分析了治療反應、染色體缺失或增加以及 mRNA 和蛋白質表達的一致減少或增加。這導致研究小組確定，位于 19q13.31-33 區(qū)域的第 19 號染色體上的缺失與對化療治療的耐藥性有關。在該位置刪除的數(shù)百個基因中，DNA 連接酶基因 LIG1 的表達是在 mRNA 和蛋白質水平上最常被抑制的基因之一。在模型系統(tǒng)和其他 TNBC 數(shù)據集中，LIG1 的表達缺失和/或缺失與選擇性卡鉑耐藥性和不良臨床結果相關。
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