對改善植物特定性狀感興趣的研究人員現(xiàn)在無需進行任何實驗即可識別調(diào)節(jié)該性狀表達的基因。
普渡大學(xué)的 Kranthi Varala 和 10 位合著者在《美國國家科學(xué)院院刊》上發(fā)表了新的基于網(wǎng)絡(luò)的調(diào)控基因發(fā)現(xiàn)工具的詳細信息。 Varala 正在申請一項專利，該專利與經(jīng)濟上重要的種子油生物合成相關(guān)。
普渡大學(xué)-美國農(nóng)業(yè)部團隊試圖建立一個資源，從大量公開數(shù)據(jù)中學(xué)習(xí)，快速識別哪些稱為轉(zhuǎn)錄因子的特殊基因調(diào)節(jié)各種植物物種中給定性狀的表達。
“每項研究都集中在其中的少數(shù)幾個，”園藝和景觀建筑學(xué)助理教授瓦拉拉說。 “我們的前提是，如果我們能夠?qū)⑺袛?shù)據(jù)放入單一分析中，那么我們就可以使用這些數(shù)據(jù)來構(gòu)建全球性的東西。”
擬南芥作為PNAS研究的模型植物，“但這種方法與擬南芥沒有任何特異性，”瓦拉拉說。 “這種方法足夠通用，你可以從玉米數(shù)據(jù)集開始。你可以用水稻、番茄，無論你正在種植的任何作物，只要你有人們已經(jīng)完成的數(shù)千個基因表達測量?，F(xiàn)在我們對十多個物種進行了數(shù)以萬計的基因表達研究。”
為了證明該系統(tǒng)有效，該團隊專注于調(diào)節(jié)植物如何在種子中制造和儲存油的遺傳途徑。研究小組之所以選擇這種性狀，是因為它在食品和生物燃料生產(chǎn)中的重要性，而且涉及的 300 多個基因已經(jīng)為人所知。
通過基因操縱植物的轉(zhuǎn)錄因子，研究人員可以增加或減少其種子中產(chǎn)生的油量。
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