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豆類巨型基因組首次測序

在我們的飲食中引入更多的植物蛋白(通常富含肉類和牛奶蛋白)是食品生產(chǎn)的最新趨勢,可以減少溫室氣體排放和生物多樣性的喪失。對植物性飲食的更大依賴意味著對豆類蛋白質(zhì)生產(chǎn)的更多依賴。

豆類不依賴人工氮肥,因為它們通過與土壤細菌共生來獲取氮。蠶豆(ViciafabaL.)是古老、可持續(xù)的蛋白質(zhì)來源,具有額外的優(yōu)勢,包括高產(chǎn)潛力和非常適合在溫帶地區(qū)種植。然而,到目前為止,基因組資源一直很稀缺。這在很大程度上是因為蠶豆的尺寸較大(13GB)。

蠶豆的龐大基因組是人類基因組的四倍、水稻基因組的30倍。事實上,基因組六條染色體中最大的一條染色體相當于整個人類基因組。正因為如此,它不可能作為一個整體來閱讀,這阻礙了科學家和育種者尋找基因的努力,這些基因?qū)⑹罐r(nóng)民更容易種植,并使工業(yè)更容易加工成美味的食物。

最近,一個國際聯(lián)盟成功解碼了巨型蠶豆基因組。研究人員報告了“蠶豆基因組的高質(zhì)量染色體規(guī)模組裝,并表明通過反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子和衛(wèi)星重復的擴增和消除率之間的不平衡,它已擴展到13Gb的巨大大小。”

這項工作發(fā)表在《自然》雜志上,論文中寫道:“巨大的二倍體蠶豆基因組解鎖了全球蛋白質(zhì)作物的變異。”

“破譯巨大的蠶豆基因組是一個重要的里程碑,”丹麥奧胡斯大學教授StigUggerhøjAndersen博士指出。“我們現(xiàn)在終于可以開始了解重要的性狀,如耐旱性、蛋白質(zhì)含量和質(zhì)量,這樣我們就可以與植物育種家一起有效地改進它們,使蠶豆成為更具吸引力的作物。”

現(xiàn)在,一個國際研究小組已經(jīng)讀取并組裝了蠶豆的整個基因組,并確定了種子大小的關(guān)鍵基因——種子大小是一個重要的食物特征。他們使用PacBioHiFi長讀長對其基因組進行了測序,覆蓋范圍達到20倍,并組裝了11.9Gb的序列,其中一半以上是長度超過2.7Mb的重疊群。

“改良的蠶豆將通過促進可持續(xù)糧食系統(tǒng)為綠色生物經(jīng)濟做出貢獻。為了滿足日益增長的蛋白質(zhì)需求,同時保護生物多樣性和減少農(nóng)業(yè)溫室氣體排放,動物性食品的消費必須減少,而植物性食品的比例應該增加。蠶豆在這方面可以提供很大幫助,”芬蘭赫爾辛基大學生物技術(shù)研究所研究負責人AlanSchulman博士說。

糧食生產(chǎn)造成了四分之一的導致氣候變化的溫室氣體排放,其中最大的貢獻來自于動物生產(chǎn)。為歐洲種植的豆類植物蛋白具有許多好處,而蠶豆是最適合北歐和波羅的海國家的豆類。

“蠶豆是北歐非常有前景的肉類替代品和新素食和純素食品的基礎。它具有巨大的潛力,但只有農(nóng)民想種植它并且人們想吃它,它才能發(fā)揮作用,”舒爾曼說。

然而,蠶豆面臨著一些挑戰(zhàn)。需要抗旱和抗病能力;由于氣候變化,這些問題日益嚴重,并導致農(nóng)場產(chǎn)量不穩(wěn)定。應減少或消除“豆味”,并改善加工和營養(yǎng)品質(zhì)。

“基因組的缺乏阻礙了育種者快速解決這些問題的工具的開發(fā)。只有一小部分人對蠶豆進行了研究,并且迄今為止投資很少。現(xiàn)在情況正在發(fā)生變化。新的基因組使研究團隊能夠解決未來氣候所需的營養(yǎng)和加工質(zhì)量、風味以及可持續(xù)性特征,”舒爾曼補充道。

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