A*STAR 科學家報告說，一種精確定位影響基因調(diào)控的 DNA 區(qū)域的新技術(shù)為識別新藥物靶點和開發(fā)預測疾病風險的診斷方法奠定了基礎(chǔ)。
“一旦你知道了真正的因果變異，就很容易將其與基因聯(lián)系起來。這是當前藥物靶標識別中一個關(guān)鍵的缺失環(huán)節(jié)，”領(lǐng)導這項工作的新加坡基因組研究所的 Shyam Prabhakar 說。
在試圖找到疾病的遺傳基礎(chǔ)時，研究人員經(jīng)常掃描數(shù)千人基因組中的數(shù)十萬個標記，以尋找與特定健康問題相關(guān)的特定變異。然而，他們發(fā)現(xiàn)的遺傳關(guān)聯(lián)很少是真正引發(fā)疾病的突變。已識別的變異通常僅與 DNA 中真正的致病突變相關(guān)，而現(xiàn)有方法很難識別這些疾病的遺傳驅(qū)動因素，特別是因為突變通常落在調(diào)節(jié)區(qū)域，而不是編碼基因本身。
普拉巴卡爾和他的同事決定開發(fā)一種新方法，重點關(guān)注與乙?；瘜W標記相關(guān)的基因組部分。這些化學標簽會影響 DNA 纏繞其包裝蛋白的緊密程度。更寬松的染色體意味著更多的基因表達。因此，乙?；娇梢宰鳛橹甘靖浇蚧钚缘闹甘緞┗蛘{(diào)節(jié)信號。
研究人員以一種新穎的方式使用了一種稱為 ChIP-seq 的方法來識別基因組中所有乙?；瘏^(qū)域的 DNA 突變，Prabhakar 稱之為“調(diào)節(jié)組測序”。他和他的團隊創(chuàng)建了一項統(tǒng)計測試，將乙?；降牟町?以及基因調(diào)控)與基因組中的單字母差異相關(guān)聯(lián)。他們將其稱為基因型無關(guān)信號相關(guān)性和不平衡(G-SCI)測試。
通過分析 57 個細胞系(全部源自人類 B 細胞，一種參與免疫的細胞)的數(shù)據(jù)，研究人員發(fā)現(xiàn)了數(shù)十種與自身免疫性疾病機制相關(guān)的 DNA 變異。“我們方法的美妙之處在于它一次完成所有事情，”普拉巴卡爾說。“這是一種非常便宜且簡單的方法。你不需要任何事先信息。”
Prabhakar 的團隊現(xiàn)在正在對死后腦組織應用相同的方法和 G-SCI 測試，以了解自閉癥和精神分裂癥等疾病。研究人員還在研究各種血細胞，以探究傳染病易感性的遺傳學。
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