全球范圍內(nèi)繪制地球上所有植物、動物、真菌和其他微生物生命基因組的努力正進入一個新階段,從試點項目轉(zhuǎn)向全面生產(chǎn)測序。地球生物基因組計劃 (EBP) 的這一新階段以本周(1 月 17 日)在美國國家科學院院刊上發(fā)表的一系列論文為標志,描述了該項目的目標、迄今為止的成就和下一步。
EBP 工作組主席、加州大學戴維斯分校進化與生態(tài)學特聘教授哈里斯·萊溫 (Harris Lewin) 說:“EBP 的特殊功能捕捉到了生物學史上最大規(guī)模的協(xié)同努力的精髓和激動人心。” .“從基礎科學到突破性應用,解決了一系列緊迫的全球問題,例如防止生物多樣性喪失和使糧食作物適應氣候變化,EBP 在真核生物測序方面取得的進展令人謙卑和鼓舞人心。實現(xiàn)對所有真核生物進行測序的最終目標現(xiàn)在似乎觸手可及。”
EBP 于 2018 年 11 月啟動,其目標是提供所有 180 萬種已命名的植物、動物和真菌以及單細胞真核生物的完整 DNA 序列目錄。
如果不采取行動遏制氣候變化和保護全球生態(tài)系統(tǒng)的健康,預計到本世紀末地球?qū)⑹?50% 的生物多樣性。為所有已知的真核生物創(chuàng)建一個 DNA 序列數(shù)字圖書館,有助于為防止生物多樣性喪失和病原體傳播、監(jiān)測和保護生態(tài)系統(tǒng)以及增強生態(tài)系統(tǒng)服務提供有效工具。
網(wǎng)絡網(wǎng)絡
該項目作為一個國際網(wǎng)絡網(wǎng)絡,協(xié)調(diào)眾多特定群體、區(qū)域和國家規(guī)模的努力,例如加利福尼亞保護基因組計劃(美國)、達爾文生命之樹計劃(英國和愛爾蘭)、脊椎動物基因組計劃和 10,000 只鳥類基因組計劃。
該項目的行政辦公室位于加州大學戴維斯分?;蚪M中心。該中心也是加州保護基因組學項目的主要 DNA 測序中心,該項目由加州大學洛杉磯分校的 Bradley Shaffer 教授領導,旨在幫助加州利用基因組工具管理瀕危和經(jīng)濟上重要的物種。
第一階段目標
EBP 的前兩年,即 2018-20 年,代表了啟動階段。到 2023 年,第一階段的目標是產(chǎn)生代表約 9,400 個分類科的參考基因組。到目前為止,附屬項目已經(jīng)產(chǎn)生了大約200個這樣的參考基因組,預計到2022年底完成測序、組裝和注釋3000多個,約占一期目標的三分之一。
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