威爾康奈爾醫(yī)學(xué)和紀(jì)念斯隆凱特琳癌癥中心的研究人員表示，對腫瘤樣本中基因活性和代謝物小分子水平進(jìn)行分類的圖譜提供了一種識(shí)別癌癥深層機(jī)制的新方法。
研究人員于 6 月 19 日在《自然代謝》雜志上發(fā)表了他們的研究成果，通過結(jié)合新的和現(xiàn)有的代謝物和基因活性數(shù)據(jù)集，創(chuàng)建了癌癥代謝圖譜 (CAMP)。該圖集包含來自 11 種不同癌癥類型的 988 個(gè)腫瘤和正常組織對照樣本的數(shù)據(jù)?？茖W(xué)家對數(shù)據(jù)的分析揭示了兩大類基因-代謝物的聯(lián)系，這些聯(lián)系指出了跨癌癥類型的作用機(jī)制。
“這個(gè)新的圖譜將幫助我們建立對腫瘤如何發(fā)揮作用的核心理解，”該研究的共同高級(jí)作者 Jan Krumsiek 博士說，他是威爾康奈爾醫(yī)學(xué)院生理學(xué)和生物物理學(xué)助理教授，也是桑德拉和愛德華邁耶癌癥中心的成員。
“我們的工作解決了代謝水平和基因表達(dá)水平的變化如何協(xié)調(diào)的基本問題，”另一位研究共同高級(jí)作者、紀(jì)念斯隆凱特琳癌癥中心的計(jì)算生物學(xué)家 Ed Reznik 博士說。“我們提供的答案是美麗而微妙的：這種協(xié)調(diào)是由基因編碼酶及其代謝底物的分子作用以及腫瘤微環(huán)境中代謝獨(dú)特的免疫細(xì)胞的存在串聯(lián)出現(xiàn)的。”
該研究的共同第一作者是 Elisa Benedetti 博士，她是 Krumsiek 實(shí)驗(yàn)室研究期間的研究員。以及研究期間 Reznik 實(shí)驗(yàn)室的研究員 Eric Liu 博士和研究生 Cerise Tang 博士。
代謝物是組織??和血液中的代謝過程中使用或產(chǎn)生的有機(jī)小分子。它們通常參與生化反應(yīng)，為細(xì)胞提供能量，或者作為蛋白質(zhì)、糖、脂質(zhì)、DNA 和 RNA 的構(gòu)建模塊。
組織中代謝物水平的模式是生物學(xué)中重要的信息層之一，研究人員已經(jīng)知道癌癥中的關(guān)鍵事件，例如腫瘤的發(fā)展和耐藥性的獲得，都伴隨著代謝物的顯著變化。將這些與癌癥相關(guān)的代謝物變化與基因活性的變化聯(lián)系起來有助于科學(xué)家理解為什么會(huì)發(fā)生這些代謝物變化，例如哪些酶或其他蛋白質(zhì)正在驅(qū)動(dòng)這些變化。在某些情況下，破壞這些機(jī)制可能有助于對抗癌癥。
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