人體由細(xì)胞組成這一事實(shí)是一個(gè)基本的，易于理解的概念。然而令人驚訝的是，科學(xué)家們?nèi)栽趪L試確定組成我們的器官并有助于我們健康的各種細(xì)胞。
一種稱為單細(xì)胞測序的相對較新的技術(shù)使研究人員能夠根據(jù)特征(例如它們表達(dá)的基因)來識(shí)別和分類細(xì)胞類型。但是，這類研究會(huì)產(chǎn)生大量數(shù)據(jù)，其中包含數(shù)十萬到數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù)集。
計(jì)算醫(yī)學(xué)和生物信息學(xué)系的Joshua Welch博士開發(fā)了一種新算法。候選人Chao Gao及其團(tuán)隊(duì)使用在線學(xué)習(xí)，大大加快了這一過程，并為全世界的研究人員提供了一種使用標(biāo)準(zhǔn)便攜式計(jì)算機(jī)上發(fā)現(xiàn)的內(nèi)存量來分析大型數(shù)據(jù)集的方法。該發(fā)現(xiàn)在《自然生物技術(shù)》雜志上有描述。
我們的技術(shù)使任何擁有計(jì)算機(jī)的人都可以對整個(gè)有機(jī)體進(jìn)行分析。這確實(shí)是該領(lǐng)域正在朝著的方向前進(jìn)。”該團(tuán)隊(duì)使用來自國立衛(wèi)生研究院腦計(jì)劃的數(shù)據(jù)集證明了其原理性證明。該計(jì)劃旨在通過繪制每個(gè)細(xì)胞的圖譜來了解人腦，該計(jì)劃的研究團(tuán)隊(duì)遍布全國，包括韋爾奇實(shí)驗(yàn)室在內(nèi)。
Welch解釋說，通常，對于像這樣的項(xiàng)目，必須按到達(dá)的順序使用先前的數(shù)據(jù)集對提交的每個(gè)單單元格數(shù)據(jù)集進(jìn)行重新分析。他們的新方法允許將新數(shù)據(jù)集添加到現(xiàn)有數(shù)據(jù)集中，而無需重新處理舊數(shù)據(jù)集。它還使研究人員能夠?qū)?shù)據(jù)集分解為所謂的迷你批處理，以減少處理數(shù)據(jù)集所需的內(nèi)存量。
韋爾奇說：“這對于越來越多地生成數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞的集合至關(guān)重要。”“今年，有五到六篇論文具有兩百萬個(gè)或更多的單元，而僅用于存儲(chǔ)原始數(shù)據(jù)所需的內(nèi)存量大大超過了他們計(jì)算機(jī)上的任何人。”
標(biāo)簽： 細(xì)胞數(shù)據(jù)
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