自 2017 年以來，阿拉巴馬大學(xué)伯明翰分校的研究人員 Casey Morrow 博士和 Hyunmin Koo 博士使用強大的基因組工具和超級計算機來分析大量遺傳數(shù)據(jù)，以識別腸道單一物種內(nèi)的個體菌株微生物組。
這種微生物組“指紋”方法有助于顯示人類嬰兒或小鼠幼崽微生物組微生物的母體來源，并顯示在同居數(shù)十年后分居的成年人類雙胞胎中 腸道微生物菌株的極端持久性。
現(xiàn)在，Koo 和 Morrow 將他們的微生物菌株穩(wěn)定性研究轉(zhuǎn)向了人類嬰兒和兒童，從出生后不久(約 6 個月)到 6 歲?？偟膩碚f，他們發(fā)現(xiàn)隨著嬰兒腸道微生物組的發(fā)育，微生物菌株特異性存在個體化模式。
嬰兒腸道微生物生態(tài)系統(tǒng)始于微生物組成的短期變化，最終形成穩(wěn)定的微生物組成，這是當(dāng)前研究的重點。這些穩(wěn)定的微生物與宿主的相互作用對于有效消化食物、健康的免疫發(fā)育和抵抗病原體定植至關(guān)重要。
莫羅說：“一般來說，早期腸道微生物群落以能夠以母乳或配方奶中存在的碳水化合物為食的微生物占主導(dǎo)地位，例如青春雙歧桿菌。”“隨著嬰兒的成長，向固體食物的過渡和身體的生長會導(dǎo)致腸道空間結(jié)構(gòu)的變化，從而導(dǎo)致物理和化學(xué)環(huán)境的變化，為微生物菌株的生長提供新的生態(tài)位機會。這個生態(tài)系統(tǒng)轉(zhuǎn)變與腸道微生物群落結(jié)構(gòu)中 擬桿菌門(例如普通擬桿菌)的出現(xiàn)相關(guān)。”
UAB 研究人員將他們的微生物指紋技術(shù)應(yīng)用于兩個宏基因組 DNA 測序數(shù)據(jù)集，這些數(shù)據(jù)集來自其他人之前發(fā)表的研究，這些數(shù)據(jù)集是按時間序列收集的嬰兒和幼兒糞便樣本。第一組 31 名嬰兒在出生后不久、1 歲、2 歲和 3 歲時采集了樣本。其中 14 名兒童接受了多種抗生素治療，這可能會破壞腸道微生物組;其余的沒有抗生素。第二個數(shù)據(jù)集包括 9 名嬰兒，樣本年齡從 6 個月到 6 歲;九人中的四人服用了多種抗生素。
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