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病毒測(cè)序可以揭示SARSCoV2如何傳播和進(jìn)化

導(dǎo)讀 埃默里大學(xué)生物學(xué)副教授卡蒂亞科勒(Katia Koelle)表示,新型病毒變種的出現(xiàn)增加了對(duì)抗新冠的波折,表明需要對(duì)該病毒進(jìn)行更好的基因組監(jiān)

埃默里大學(xué)生物學(xué)副教授卡蒂亞科勒(Katia Koelle)表示,新型病毒變種的出現(xiàn)增加了對(duì)抗新冠的波折,表明需要對(duì)該病毒進(jìn)行更好的基因組監(jiān)測(cè)。

科爾說:“新型基因組跨州監(jiān)測(cè)的改進(jìn)將真正幫助我們更好地了解大流行病毒在美國的發(fā)展和傳播?!薄靶枰嗟穆?lián)邦資金和集中的樣本收集和基因測(cè)序標(biāo)準(zhǔn)。研究人員需要訪問這樣的元數(shù)據(jù),以便更好地跟蹤病毒的地理傳播,并識(shí)別任何可能難以控制的新變種,以便衛(wèi)生官員能夠更快、更有效地做出反應(yīng)?!?

Koelle研究了病毒進(jìn)化和病毒傳染病流行病學(xué)傳播之間的相互作用。她是剛剛發(fā)表在《觀點(diǎn)》雜志上的文章《科學(xué)》的資深作者,這篇文章講述了對(duì)新型-2進(jìn)行測(cè)序以控制新冠大流行的重要性。

邁克爾馬丁是埃默里大學(xué)人口、生物學(xué)和生態(tài)規(guī)劃專業(yè)的博士生,科勒實(shí)驗(yàn)室成員,《科學(xué)》雜志第一作者。大衛(wèi)凡尼斯伯格是科勒實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員,也是這本書的合著者。

馬丁說:“對(duì)新型的研究一直在以閃電般的速度進(jìn)行?!薄斑@種加速為我們提供了迄今為止最快的疾病數(shù)據(jù)集之一。到目前為止,我們已經(jīng)了解了很多關(guān)于這種病毒如何傳播和適應(yīng)的知識(shí),但我們?nèi)杂性S多盲點(diǎn)需要解決?!?

本文總結(jié)了對(duì)新型的關(guān)鍵見解,這些見解是通過對(duì)每個(gè)患者樣本的基因組測(cè)序獲得的。它還列出了剩余的挑戰(zhàn),包括收集元數(shù)據(jù)并將其整合到遺傳分析中,以及需要為成千上萬個(gè)基因組開發(fā)更有效和可擴(kuò)展的計(jì)算方法。

基因組是生物體的遺傳物質(zhì)。人類基因組由雙鏈DNA組成,由四個(gè)不同的核苷酸堿基字母編碼。人類基因組由30多億個(gè)堿基對(duì)組成。相反,包括新型在內(nèi)的的基因組是由核糖核酸組成的,其結(jié)構(gòu)比脫氧核糖核酸簡(jiǎn)單。例如,新型基因組由一個(gè)只有30,000個(gè)字母長(zhǎng)的核糖核酸鏈組成。排序是一種能讀懂這些字母的技術(shù)。

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