中國科學(xué)院合肥物質(zhì)科學(xué)研究院李學(xué)凌教授課題組分析熱燒傷皮膚基因表達(dá)，基于高分辨率細(xì)胞類型組模式開發(fā)出新的細(xì)胞類型特征和流程反卷積。
研究結(jié)果已發(fā)表于燒傷護(hù)理雜志研究。
研究燒傷后基因活性的時(shí)間線對(duì)于確定最佳治療時(shí)間至關(guān)重要。 30多年來，科學(xué)家主要依靠分析組織中的整體基因活性來了解這些變化。然而，這種方法有局限性——它無法區(qū)分不同的細(xì)胞類型或這些細(xì)胞中的特定基因活性。它僅提供所有細(xì)胞類型的基因活性的平均值。
“基因在不同類型的細(xì)胞中表現(xiàn)不同。這個(gè)想法構(gòu)成了創(chuàng)建代表每種細(xì)胞類型獨(dú)特分子活性的標(biāo)簽的基礎(chǔ)。”李教授說，“但為了進(jìn)行更詳細(xì)的分析，我們需要來自組織樣本的數(shù)據(jù)比不同細(xì)胞類型的數(shù)據(jù)還要多。”組織樣本一個(gè)>
在這項(xiàng)研究中，研究人員開發(fā)了一種高分辨率細(xì)胞類型反卷積模式方法，通過估計(jì)RNA轉(zhuǎn)錄本的相對(duì)子集來識(shí)別細(xì)胞類型和表達(dá)(CIBERSORTx)來分析匯集的皮膚批量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，該方法可以識(shí)別細(xì)胞分?jǐn)?shù)的來源以及導(dǎo)致大量基因擾動(dòng)的基因表達(dá)變化。
這種方法有助于識(shí)別和分析皮膚中不同類型的細(xì)胞。研究人員使用血液和皮膚樣本的數(shù)據(jù)為八種不同的皮膚細(xì)胞類型創(chuàng)建了參考簽名，他們將其稱為 Sig_Na，在獨(dú)立數(shù)據(jù)集上進(jìn)行測(cè)試時(shí)，事實(shí)證明該參考簽名比其他現(xiàn)有的參考簽名更準(zhǔn)確。
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