大約二十年前，在植物中發(fā)現(xiàn)了 RNA 沉默的過程，即在蛋白質(zhì)合成過程中，RNA 的小片段使基因的一部分失活。這些片段——稱為 microRNA(縮寫為 miRNA)——已被證明在植物生長和發(fā)育的幾乎每個階段都是必不可少的，從花、莖和根的產(chǎn)生到植物與環(huán)境相互作用的方式和防止感染。
miRNA 的檢測和表征是一個活躍的研究領(lǐng)域。在植物中發(fā)現(xiàn)它們后的十年中，使用了 1,000 多種生物信息學(xué)工具來識別 miRNA 并繪制出尋找它們的潛在位置。
在發(fā)表在《植物科學(xué)應(yīng)用》雜志上的一項新研究中，研究人員著手通過測試八種最常用的 miRNA 應(yīng)用來簡化 miRNA 發(fā)現(xiàn)和表征的過程，并根據(jù)準確性、靈敏度、速度和數(shù)量來評估每種應(yīng)用。軟件使用的計算機內(nèi)存。
大量可用的應(yīng)用程序可以使研究 miRNA 成為一項艱巨的任務(wù)。大多數(shù)這些工具 (77%) 也是在考慮到動物系統(tǒng)的情況下開發(fā)和測試的，因此不清楚它們的效用是否可以擴展到植物中 miRNA 的檢測和分析。
miRNA在植物和動物中的生物合成途徑是不同的。同時，植物miRNA前體的莖環(huán)結(jié)構(gòu)比動物大。植物 miRNA 會被甲基化修飾，但動物 miRNA 不會。”
揚州大學(xué)農(nóng)學(xué)院講師齊游博士，該研究的資深作者
當考慮到同一植物物種的個體可能具有不同的基因組大小時，事情變得更加棘手，這使得開發(fā)單一的標準化方法變得困難。此外，一些程序僅查找已知存在的 miRNA，而其他程序則通過基因組梳理以查找列表中的新添加項。
最后，雖然大多數(shù)工具使用搜索標準來直接識別基因組中的 miRNA 序列，但其他工具則旨在搜索處于早期發(fā)育階段的 miRNA(前體 miRNA)，當更多堿基對連接在分子切割過程修剪它們之前的任一端時縮小到尺寸。
標簽： MicroRNA
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