由德累斯頓工業(yè)大學(xué)(TU)研究人員領(lǐng)導(dǎo)的科學(xué)家團(tuán)隊(duì)利用計(jì)算機(jī)建模和模擬來(lái)設(shè)計(jì)新型仿生分子，以增強(qiáng)小鼠的骨骼再生。這些新分子基于糖胺聚糖(GAG)——一種長(zhǎng)鏈糖，如透明質(zhì)酸或肝素——可以融入生物材料中并局部應(yīng)用于骨缺損。他們認(rèn)為，新設(shè)計(jì)的分子有可能用于關(guān)閉阻礙骨再生的蛋白質(zhì)，并導(dǎo)致開(kāi)發(fā)出針對(duì)骨折和其他骨相關(guān)疾病的新型、更有效的治療方法。
“由于我們小組和其他研究人員的工作，我們知道了調(diào)節(jié)骨形成和修復(fù)的獨(dú)特分子途徑，”德累斯頓工業(yè)大學(xué)醫(yī)學(xué)院教授LorenzHofbauer博士解釋說(shuō)。“事實(shí)上，我們可以將其范圍縮小到兩種共同作用阻止骨再生的蛋白質(zhì)：硬化蛋白和dickkopf-1。開(kāi)發(fā)促進(jìn)骨愈合的藥物的挑戰(zhàn)是同時(shí)有效地關(guān)閉這兩種充當(dāng)制動(dòng)信號(hào)的蛋白質(zhì)。”
Hofbauer是研究人員在Biomaterials上發(fā)表的論文的資深作者和共同通訊作者，該論文題為“基于糖胺聚糖的Dickkopf-1清除劑的合理工程以改善骨再生”。研究小組在報(bào)告中得出結(jié)論：“……合理設(shè)計(jì)的GAG變體可能代表了一種開(kāi)發(fā)再生醫(yī)學(xué)新治療方法的創(chuàng)新策略。”
隨著人們年齡的增長(zhǎng)，骨骼再生的能力下降，與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的骨骼脆性和骨缺陷加劇了作者所描述的“老年人骨骼健康面臨的新的醫(yī)學(xué)挑戰(zhàn)”，從而導(dǎo)致社會(huì)經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)日益增加。科學(xué)家們正在努力開(kāi)發(fā)可以改善骨再生的新治療方法。“迄今為止，針對(duì)增強(qiáng)骨吸收的抗吸收療法已成為標(biāo)準(zhǔn)治療，”作者寫(xiě)道。“最近，已經(jīng)實(shí)施了刺激骨形成的骨合成代謝方法。”
研究小組指出，經(jīng)典的WNT信號(hào)通路是一條復(fù)雜的調(diào)節(jié)通路，由配體、受體和抑制劑組成，在體內(nèi)平衡和骨修復(fù)過(guò)程中發(fā)揮著調(diào)節(jié)骨形成和骨骼強(qiáng)度的重要功能。“開(kāi)發(fā)特定的治療方法需要全面了解該途徑的功能、相互作用和冗余。”
Sclerostin和Dickkopf-1(DKK1)是WNT通路的內(nèi)源性抑制劑。而且，正如研究小組進(jìn)一步指出的那樣，“WNT配體和抑制劑的功能改變與多種影響骨骼脆性的骨疾病有關(guān)，并導(dǎo)致高昂的醫(yī)療和社會(huì)經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。因此，這種細(xì)胞途徑已成為骨保護(hù)療法(例如骨質(zhì)疏松癥)的新靶標(biāo)。”
跨學(xué)科方法是該團(tuán)隊(duì)?wèi)?yīng)對(duì)挑戰(zhàn)的關(guān)鍵，即禁用硬化蛋白和DKK1。此次合作將骨骼專(zhuān)家Hofbauer的專(zhuān)業(yè)知識(shí)與德累斯頓工業(yè)大學(xué)生物技術(shù)中心(BIOTEC)的MariaTeresaPisabarro博士領(lǐng)導(dǎo)的結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)小組以及德累斯頓工業(yè)大學(xué)生物技術(shù)中心(BIOTEC)的VeraHintze博士領(lǐng)導(dǎo)的功能生物材料小組的專(zhuān)業(yè)知識(shí)相結(jié)合。德累斯頓工業(yè)大學(xué)材料科學(xué)研究所馬克斯·伯格曼生物材料中心(MBC)。
基于計(jì)算機(jī)輔助結(jié)構(gòu)的理性設(shè)計(jì)的藝術(shù)描繪。綠色箭頭象征著在透明質(zhì)酸分子(綠色和紅色棒)中引入新化學(xué)特性的創(chuàng)新策略，以開(kāi)發(fā)合理工程的GAG(REGAG)分子，該分子充當(dāng)骨再生阻斷蛋白的劫持者。Dickkopf-1是一種阻礙骨形成的蛋白質(zhì)，顯示為灰色，其受體顯示為米色。彩色球體代表一組模擬dickkopf-1與其受體之間相互作用的特性。[©格洛麗亞·魯伊斯·戈麥斯]
多學(xué)科團(tuán)隊(duì)利用合理的藥物設(shè)計(jì)來(lái)創(chuàng)造具有定制特性和最小副作用的新型分子。通過(guò)使用計(jì)算方法來(lái)預(yù)測(cè)和完善所設(shè)計(jì)分子的特性，該團(tuán)隊(duì)能夠開(kāi)發(fā)出一系列最有潛力關(guān)閉阻礙骨再生的蛋白質(zhì)的候選分子。
Pisabarro小組的專(zhuān)業(yè)知識(shí)允許對(duì)兩種阻礙骨再生的蛋白質(zhì)的3D結(jié)構(gòu)進(jìn)行徹底分析。有了這些知識(shí)，研究人員就能夠?qū)Φ鞍踪|(zhì)與其受體的相互作用進(jìn)行3D建模，并識(shí)別熱點(diǎn)、對(duì)生物相互作用發(fā)生至關(guān)重要的特定物理化學(xué)和動(dòng)態(tài)特性。研究人員表示：“通過(guò)多學(xué)科方法，我們應(yīng)用基于計(jì)算機(jī)結(jié)構(gòu)的從頭設(shè)計(jì)策略和分子動(dòng)力學(xué)模擬，結(jié)合合成化學(xué)和表面等離振子共振光譜，合理設(shè)計(jì)低聚糖胺聚糖衍生物(REGAG)，改善DKK1的中和特性。”。
“多年來(lái)，我們利用計(jì)算機(jī)模擬的力量來(lái)研究調(diào)節(jié)骨形成的蛋白質(zhì)如何與其受體相互作用，”皮薩巴羅說(shuō)。“所有這些都是為了設(shè)計(jì)能夠有效干擾這些相互作用的新分子。我們使用分子模型來(lái)設(shè)計(jì)新的結(jié)構(gòu)，模擬相關(guān)受體與兩種蛋白質(zhì)的相互作用。我們希望這種結(jié)合比它們的自然相互作用更強(qiáng)。通過(guò)這種方式，我們的新型分子將同時(shí)劫持蛋白質(zhì)并有效地關(guān)閉它們以開(kāi)啟骨再生。”
Hintze進(jìn)一步解釋說(shuō)：“Pisabarro團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)的分子是由我們柏林自由大學(xué)的同事合成的，然后通過(guò)生物物理相互作用分析來(lái)分析其蛋白質(zhì)結(jié)合特性。對(duì)于每個(gè)分子，我們能夠測(cè)量蛋白質(zhì)的結(jié)合強(qiáng)度及其對(duì)蛋白質(zhì)天然受體結(jié)合的干擾。因此，我們可以憑經(jīng)驗(yàn)揭示每種小分子在關(guān)閉抑制蛋白方面的有效性。”
霍夫鮑爾骨骼實(shí)驗(yàn)室的團(tuán)隊(duì)隨后將新分子加載到生物材料中，并在小鼠骨缺陷上進(jìn)行測(cè)試，以評(píng)估其有效性。研究小組發(fā)現(xiàn)，含有新型分子的材料優(yōu)于標(biāo)準(zhǔn)生物材料，骨愈合能力提高了50%，這表明它們未來(lái)在改善骨再生方面的應(yīng)用潛力。作者在發(fā)表的論文中指出，“體外和體內(nèi)測(cè)定表明在具有臨界尺寸骨損傷的小鼠顱蓋缺損模型中，獲得REGAG的GAG修飾轉(zhuǎn)化為WNT通路活性的增加和骨再生的改善。重要的是，開(kāi)發(fā)的RE由于GAG改善了DKK1結(jié)合特性，其在將骨愈合提高高達(dá)50%方面優(yōu)于聚合高硫酸化透明質(zhì)酸(sHA3)。”Pisabarro補(bǔ)充道：“我們?cè)谟?jì)算機(jī)和工作臺(tái)之間協(xié)同工作，設(shè)計(jì)新分子并對(duì)其進(jìn)行測(cè)試，將結(jié)果反饋給我們的分子模型，并更多地了解我們目標(biāo)所需的分子特性。”
這種迭代測(cè)試的結(jié)果是一項(xiàng)寶貴的資產(chǎn)，它增強(qiáng)了Pisabarro小組當(dāng)前的分子模型，并可用于指導(dǎo)未來(lái)新型和更好分子的開(kāi)發(fā)。這種方法還確保最大限度地減少動(dòng)物研究，并且僅在項(xiàng)目的最后階段才進(jìn)入該項(xiàng)目。“在這項(xiàng)研究中，我們將計(jì)算從頭設(shè)計(jì)研究與生物物理以及體外和體內(nèi)分析相結(jié)合，創(chuàng)建了一種基于GAG的精細(xì)結(jié)構(gòu)工程策略，優(yōu)于經(jīng)典的盲目藥物篩選，”作者在論文中總結(jié)道。“雖然經(jīng)典方法需要對(duì)候選藥物進(jìn)行多年的篩選和重新篩選，但我們基于計(jì)算機(jī)結(jié)構(gòu)的理性設(shè)計(jì)方法是顯著減少時(shí)間、資源和成本的關(guān)鍵。
他們表示，他們的研究證明了化學(xué)硫酸化葡糖胺聚糖(sGAG)變體通過(guò)有針對(duì)性地干擾典型WNT信號(hào)通路的介質(zhì)來(lái)增強(qiáng)骨微環(huán)境再生過(guò)程的潛力。“在這里，我們提供了概念驗(yàn)證，即通過(guò)合理設(shè)計(jì)微調(diào)sGAG結(jié)構(gòu)可以增強(qiáng)結(jié)合選擇性，并改善DKK1和硬化素等清除抑制劑，從而促進(jìn)體內(nèi)骨再生。
研究人員正在繼續(xù)合作?；舴蝓U爾指出：“我們正在申請(qǐng)一項(xiàng)臨床前研究資金，該研究將進(jìn)一步開(kāi)發(fā)基于分子和生物材料的骨增強(qiáng)劑，為人類(lèi)研究奠定基礎(chǔ)。”
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