在線期刊《電子生活》發(fā)表了第一篇文章《計算的可再現(xiàn)性》，在這篇文章中，這些數(shù)字與生成它們所需的軟件、數(shù)據(jù)和計算環(huán)境相結(jié)合。
讀者可以更改底層代碼并生成修改后的數(shù)字，以更好地理解、驗證或構(gòu)建作品。例如，他們可以重新運行代碼來查看沒有異常值的圖表，或者使用不同類型的圖表來更有效地顯示趨勢。
研究人員說，可重復(fù)的文章，其中在線生活首次以其傳統(tǒng)格式出版，去年1，是走向未來的一步，報紙不僅是靜態(tài)頁面，也是重要的一步。
“eLife正在做的是承諾研究文章的升級，這樣它就不僅僅是書面文字，而是這種多方位的交流媒介，其中包括數(shù)據(jù)和代碼作為不可或缺的一部分，”DC華盛頓喬治華盛頓機械工程大學(xué)的航空航天工程師和重復(fù)性專家Lorena Barba說。
根據(jù)英國劍橋eLife產(chǎn)品和用戶體驗主管朱利亞諾麥克西奇的說法，這篇文章是該雜志現(xiàn)在計劃擴大規(guī)模的技術(shù)原型。想要使用類似功能的作者可以聯(lián)系期刊進行考慮。
共享代碼
這些技術(shù)將使研究人員在未來更容易重用彼此的代碼。用戶不能上傳自己的數(shù)據(jù)并將其添加到數(shù)字中，但Maciocci表示，計劃是讓他們最終下載這些文章并在自己的計算機上運行，例如，使用作者的代碼分析自己的發(fā)現(xiàn)。
重用這種軟件通常很困難，這涉及到一組令人困惑的相互依賴的工具，每個工具都必須下載和安裝。eLife的概念驗證版本允許用戶查看和執(zhí)行文章主體中的代碼，而無需安裝?！白x者在執(zhí)行代碼和使用數(shù)據(jù)時沒有摩擦，”巴爾巴解釋道。
在推特上，紐約洛克菲勒大學(xué)的神經(jīng)生物學(xué)家柯里巴格曼將這一進展描述為“未來的論文”?！靶碌膃Life格式提供了更多共享數(shù)據(jù)和分析的機會，從而建立了相互的工作，”Bargmann在后續(xù)郵件中補充道。
加州大學(xué)戴維斯分校的生物信息學(xué)專家泰特斯布朗說，制作可重復(fù)文檔的能力并不新鮮。研究人員可以通過將提供交互式實驗室筆記本的Jupyter Notebook等工具與允許他人執(zhí)行代碼的基于云的軟件Binder結(jié)合起來，自己完成這項工作。布朗說：“缺少的是與出版商的整合?！?
計算膠囊
一些期刊，包括標(biāo)題為F1000Research、GigaScience和Cell Press的期刊，允許作者在文章中嵌入來自基于云的平臺Code Ocean的可執(zhí)行“計算膠囊”，代碼和執(zhí)行環(huán)境以交互小部件的形式呈現(xiàn)。2018年8月，Nature Methods、Nature Biotechnology和Nature Machine Intelligence與Code Ocean啟動了一個試點項目，使用該公司的計算膠囊進行同行評審。
ELife是第一個將代碼變成文章本身一部分的期刊。
2月20日發(fā)表的增強型eLife文章描述了復(fù)制2012年論文2的嘗試，該論文討論了癌細(xì)胞中頻繁突變的基因如何影響其他基因的表達。這項研究是作為可重復(fù)性項目的一部分進行的：癌癥生物學(xué)是一項評估腫瘤學(xué)研究結(jié)果可重復(fù)性的系統(tǒng)工作，由弗吉尼亞州夏洛茨維爾的開放科學(xué)中心和加利福尼亞州帕洛阿爾托的科學(xué)交流中心領(lǐng)導(dǎo)。
使用一組名為eLife可重復(fù)文檔堆棧的開源工具，包括Binder和一個名為模板桌面的特殊文檔編輯器，可重復(fù)的文章看起來像任何其他文章，除了每個圖形都用一個藍色小箭頭裝飾。當(dāng)用戶單擊圖標(biāo)時，用于生成圖形的編程代碼將顯示在實時內(nèi)聯(lián)文本編輯器中。當(dāng)用戶更改代碼時，圖形將被更新，允許用戶調(diào)整數(shù)據(jù)顯示(參見“計算再現(xiàn)性”)或測試刪除異常值的效果。
爆炸物地圖
賓夕法尼亞大學(xué)佩雷爾曼醫(yī)學(xué)院的生物信息學(xué)專家凱西格林指出，例如，本文用帶有誤差條的條形圖總結(jié)了一些數(shù)據(jù)。這種配置有時被輕蔑地稱為爆炸陰謀，因為它類似于狂野的西方爆炸雷管——而且它可能會掩蓋基本數(shù)據(jù)。使用這篇可重復(fù)的文章，讀者可以用另一種風(fēng)格重現(xiàn)情節(jié)，更有效地揭示趨勢。然而，他們不能與其他讀者分享這種修改，這是格林希望看到的一個特征。“對我來說，這將是這項技術(shù)的明顯勝利，”他說。
根據(jù)Maciocci的說法，宣布這篇文章的博文是出版商中最受歡迎的一篇，自2月20日以來，擁有超過7500個獨特的瀏覽量；文章本身的用戶不到2000人?！拔覀兘^對有責(zé)任繼續(xù)推廣內(nèi)容?！?
他指出，這篇文章的所有軟件都是開源的，任何感興趣的出版商都可以使用，但他還沒有聯(lián)系《華爾街日報》。
作為原型，文章缺少參考文獻和補充數(shù)據(jù)，但Macioci表示，這些將在以后的文章中提供。
對于研究作者、開放科學(xué)中心主任蒂姆埃林頓來說，這份文件代表了研究文章本身的演變。“這對我來說可能是一個進步。作為一名研究人員，我不必將我的內(nèi)容從我的可重復(fù)工作流轉(zhuǎn)移到平面版本，這樣您就可以查看它——事實上，它可能只會暴露我所做的事情?！?
他承認(rèn)還沒有，但這是一個開始。“問題是，我們現(xiàn)在該怎么辦？我們?nèi)绾尾拍芾^續(xù)做得更好？”
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