識別骨髓腫瘤的復發(fā)性遺傳改變改善了診斷并擴大了患者可獲得的靶向治療。然而，由于檢測這些改變所涉及的多變和漫長的周轉(zhuǎn)時間，治療開始可能會延遲。在一項新穎的研究中，研究人員評估了一種集成的下一代測序(NGS)系統(tǒng)，發(fā)現(xiàn)它可以提供準確的、基于基因組學的診斷，以加快精準治療的時間，從而有利于患者的預后。他們的研究結(jié)果發(fā)表在愛思唯爾出版的《分子診斷雜志》上。
在骨髓腫瘤中，骨髓產(chǎn)生過多或過少的紅細胞、血小板或某些白細胞。骨髓腫瘤中復發(fā)性遺傳改變的發(fā)現(xiàn)提高了診斷的準確性，并擴大了患者可用的靶向治療選擇。這一進展與改善急性髓系白血病(AML)的治療尤其重要，目前急性髓系白血病的相對五年生存率僅為30.5%。
目前的國家綜合癌癥網(wǎng)絡(NCCN)指南現(xiàn)在支持AML基因檢測。最近，出現(xiàn)了許多依賴于特定基因改變的存在與否的藥物靶向療法。這些藥物不僅用于復發(fā)或難治性疾病，還作為某些患者誘導化療的組成部分。
“這些療法的成功實施依賴于對白血病遺傳特征的即時了解，”美國紐約州紐約州紀念斯隆凱特琳癌癥中心病理學和實驗室醫(yī)學系首席研究員KojoS.J.Elenitoba-Johnson博士解釋說，他是賓夕法尼亞大學佩雷爾曼醫(yī)學院病理學和檢驗醫(yī)學系的醫(yī)學博士，美國賓夕法尼亞州費城，在進行研究時。
確定白血病的遺傳特征涉及檢測復發(fā)性、診斷性和治療相關的遺傳改變。不幸的是，目前的診斷工具使用多種技術、不同的專業(yè)領域和不相關的工作流程，導致明顯變化和漫長的周轉(zhuǎn)時間，可能會延遲治療。
NGS是一個強大的工具，能夠識別大多數(shù)這些變化;然而，目前的NGS平臺和生物信息學瓶頸是最佳和及時診斷的重大障礙，周轉(zhuǎn)時間通常超過10至14天，從而延遲了治療決策。因此，實驗室通常會執(zhí)行冗余測試，以支持關鍵變體的更快周轉(zhuǎn)時間。
為了滿足更有效地識別這些改變的需求，研究人員評估了IonTorrentGenexus平臺上的Oncomine骨髓檢測GX面板，這是一個快速(不到24小時的核酸到結(jié)果周轉(zhuǎn)時間)集成核酸NGS平臺，用于檢測骨髓疾病中臨床相關的遺傳畸變。標本包括合成DNA(101個靶標)和RNA(9個靶標)對照以及來自骨髓或外周血樣本的真實世界核酸物質(zhì)(40名患者)。臨床DNA和RNA樣本是從血液或骨髓標本中回顧性鑒定的，這些標本已經(jīng)在臨床實驗室改進修正案(CLIA)認證的臨床實驗室中按照先前驗證的方案進行了核酸提取和基因檢測。
將結(jié)果和性能指標與兩個獨立臨床實驗室中經(jīng)過臨床驗證的基因組測試工作流程獲得的結(jié)果和性能指標進行比較。該測定確定了100%的DNA和RNA對照變異。對于來自患者的標本，它報告了82個DNA變異中的107個和臨床驗證的測定中鑒定的所有19個RNA基因融合，總體檢出率為80%。對導出的未經(jīng)過濾數(shù)據(jù)的重新分析揭示了15個最初未鑒定的DNA變異，總體潛在檢測率為92%。
這些結(jié)果有望用于實施集成的NGS系統(tǒng)以快速檢測遺傳畸變，促進準確的，基于基因組學的診斷，并加快骨髓腫瘤的精準治療時間。
“與目前的測試方法相比，使用該平臺具有顯著的實驗室工作流程優(yōu)勢，”Elenitoba-Johnson博士評論道。“基于工作流程的自動化和集成平臺可在不到24小時內(nèi)提供臨床相關結(jié)果，可以徹底改變腫瘤疾病的診斷檢查，從而可能改善患者的預后。在臨床相關的時間尺度上獲得準確的結(jié)果將使基因組研究能夠在第一線部署，以對患者進行診斷評估。諸如此類的自動化工作流程將提高運營效率，并對實驗室費用產(chǎn)生重大經(jīng)濟影響，因為減少對人類參與進行實驗室測試的需求。
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