麥克馬斯特大學(xué)的研究人員開發(fā)了一種復(fù)雜的新工具，可以幫助提供環(huán)境中罕見和未知病毒的早期預(yù)警，并識(shí)別導(dǎo)致敗血癥的潛在致命細(xì)菌病原體，以及其他用途。
新算法是一種先進(jìn)的工具，可以幫助開發(fā)探針以捕獲各種情況下已知和未知的痕量病原體，例如 SARS-CoV-2 等感染的動(dòng)物與人類傳播或監(jiān)測宿主在可能出現(xiàn)的病原體的環(huán)境中。
迄今為止，大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室都有大量測序樣本，這是一個(gè)費(fèi)力且成本高昂的過程，通常需要科學(xué)家梳理并重新組裝特定 DNA 的微小片段，這些片段難以檢測并且經(jīng)常被同一樣本或環(huán)境中的數(shù)十億其他生物體污染.
例如，臨床或野生動(dòng)物環(huán)境中的血液或唾液樣本中的病原體特別難以分離，因?yàn)樗鼈兒苋菀渍紭颖镜牟坏桨偃f分之一，尤其是在感染的早期階段，此時(shí)濃度仍然很低而檢測對患者來說最為關(guān)鍵。
研究人員成功地在包括 SARS-CoV-2 在內(nèi)的整個(gè)家族上測試了這些探針。探針通過靶向、分離和識(shí)別相關(guān)生物之間共享的 DNA 序列(特別是同時(shí))提供了一條捷徑，通常是由于進(jìn)化歷史或祖先。
“有數(shù)以千計(jì)的細(xì)菌病原體，當(dāng)時(shí)間非常重要時(shí)，能夠確定患者的血液樣本中存在哪種病原體可以更快地進(jìn)行正確的治療，”該研究的主要作者、該研究的研究生 Zachery Dickson 解釋說。生物系。
“該探測器使識(shí)別速度更快，這意味著我們有可能拯救可能會(huì)死亡的人，”他說。
研究人員還證明了探針捕獲與敗血癥相關(guān)的極其廣泛的病原體的有效性.
“我們目前需要更快、更便宜和更簡潔的方法來檢測人類和環(huán)境樣本中的病原體，從而使狩獵民主化，而這條管道正是這樣做的，”該研究的主要作者兼麥克馬斯特古 DNA 中心主任、進(jìn)化遺傳學(xué)家亨德里克·波納 (Hendrik Poinar) 說。 .
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