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最大的植物基因組測序工作產(chǎn)生了鷹嘴豆的泛基因組

來自 41 個組織的國際研究人員團隊通過對來自 60 個國家/地區(qū)的 3,366 個鷹嘴豆品系的基因組進行測序,組裝了鷹嘴豆的泛基因組。在國際半干旱熱帶作物研究所 (ICRISAT) 的領導下,該團隊確定了 29,870 個基因,其中包括 1,582 個以前未報告的新基因。這項研究是同類植物中最大的一項研究,將鷹嘴豆放入具有如此廣泛基因組圖譜的一小群作物中。

“通過采用全基因組測序,我們已經(jīng)能夠確認鷹嘴豆在新月沃地的起源歷史,并確定鷹嘴豆向世界其他地方擴散或遷移的兩條路徑。一條路徑表明向南亞和東非擴散,另一條表明向地中海地區(qū)(可能通過土耳其)以及黑海和中亞(直至阿富汗)擴散,”研究機構(gòu) Rajeev Varshney 教授說。 ICRISAT 的項目主任和該研究的負責人,該研究于 11 月 10 日發(fā)表在《自然》雜志上。

他補充說:“更重要的是,這項研究提供了鷹嘴豆遺傳變異的完整圖景,以及利用知識和基因組資源改進作物的經(jīng)過驗證的路線圖。”

鷹嘴豆在 50 多個國家種植,是世界第三大種植豆類。它對許多國家的飲食必不可少,也是膳食蛋白質(zhì)的重要??來源,尤其是在全球南方。ICRISAT于 2013 年率先對第一個鷹嘴豆基因組(喀布爾品系)進行了測序。該序列為開發(fā)用于作物改良的分子資源鋪平了道路。

不久之后,隨著對包括地方品種和野生類型在內(nèi)的物種水平的遺傳變異的完全了解的需求變得明顯,對更多品系進行測序的更大努力開始了。在最新的研究中,該研究的作者報告對多個基因庫中保存的鷹嘴豆的 3,171 個栽培種質(zhì)和 195 個野生種質(zhì)進行了測序。這 3,366 個種質(zhì)代表了鷹嘴豆在更大的全球收藏中的遺傳多樣性。

栽培的鷹嘴豆在科學上被稱為Cicer arietinum。該研究指出,大約 12,600 年前,C. arietinum與其野生祖先Cicer reticulatum 不同。鷹嘴豆的歷史與大約 10,000 年前開始的強大的遺傳瓶頸有關。人口規(guī)模在大約 1000 年前達到最低點,然后在過去 400 年出現(xiàn)強勁增長,這表明全球?qū)椬於罐r(nóng)業(yè)重新產(chǎn)生興趣。作者在研究中報告說,用于分析 8 個Cicer物種隨時間變化的方法也可用于識別種質(zhì)的錯誤分類或重復,以更好地管理基因庫中的種質(zhì)。

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