癌癥遺傳驅(qū)動(dòng)因素的發(fā)現(xiàn)可能對(duì)癌癥患者的診斷和治療具有重要意義。然而，基因組分析主要集中在整個(gè)基因組的1-2%，其中包含制造蛋白質(zhì)的代碼。剩下的在哪里？它也能在疾病傳播中發(fā)揮作用嗎？
作為泛癌癥項(xiàng)目的一部分，科學(xué)家分析了全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)。因此，科學(xué)家必須開發(fā)一種新的適合分析非編碼基因組的統(tǒng)計(jì)方法。
Joachim Weischenfeldt現(xiàn)在是哥本哈根大學(xué)生物技術(shù)研究與創(chuàng)新中心和哥本哈根Rigshospitalet的團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)人，然后他是EMBL海德堡基因組生物系的博士后。他解釋了這項(xiàng)研究的原因：“幾十年來，這項(xiàng)工作一直專注于確定基因組蛋白質(zhì)密碼部分變化的后果。許多癌癥在蛋白質(zhì)的編碼部分沒有顯著的突變，但是一些因素驅(qū)使癌癥通過推斷。我們懷疑非編碼部分在這些無法解釋的情況中起著重要作用?！?
這種分析的重點(diǎn)是確定驅(qū)動(dòng)點(diǎn)突變——只影響DNA編碼的一個(gè)或幾個(gè)字母的突變——以及基因組非編碼區(qū)的結(jié)構(gòu)變異或重排。除了確定新的驅(qū)動(dòng)因素之外，該分析還確認(rèn)了以前報(bào)告的一些驅(qū)動(dòng)因素，使其他驅(qū)動(dòng)因素?zé)o效非常重要。它還在AKR1C基因附近發(fā)現(xiàn)了一種新的推測(cè)驅(qū)動(dòng)基因重排。這與肺癌和肝癌的基因表達(dá)增加有關(guān)。
發(fā)現(xiàn)在基因組的非編碼基因和序列中，導(dǎo)致癌癥的突變和結(jié)構(gòu)變異的頻率低于基因組的蛋白質(zhì)編碼部分，但這部分是由于可用于分析某些腫瘤的患者數(shù)據(jù)集的類型相對(duì)較少。Weischenfeldt說：“我們可能需要更多數(shù)量級(jí)的基因組，才能真正了解所有導(dǎo)致癌癥的突變及其形成的復(fù)雜機(jī)制?！薄耙?yàn)榘┌Y是一種基因組疾病，我們最終希望用遺傳學(xué)來解釋盡可能多的癌癥。”
很大程度上得益于泛癌癥項(xiàng)目期間所做的工作，大約95%的癌癥研究可以用驅(qū)動(dòng)基因突變來解釋。該項(xiàng)目的主要成果之一是目錄，臨床醫(yī)生和研究人員可以使用它來發(fā)現(xiàn)特定的腫瘤類型，并確定疾病的驅(qū)動(dòng)因素。
泛癌癥項(xiàng)目
全基因組胰腺癌分析項(xiàng)目是一個(gè)合作項(xiàng)目，涉及來自37個(gè)國(guó)家的1300多名科學(xué)家和臨床醫(yī)生。它涉及38種不同腫瘤類型的2600多個(gè)基因組的分析，從而創(chuàng)造了巨大的原發(fā)癌基因組資源。這是16個(gè)工作組研究癌癥發(fā)展、因果關(guān)系、進(jìn)展和分類的起點(diǎn)。
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