由范德比爾特大學(xué)醫(yī)學(xué)中心生物統(tǒng)計(jì)學(xué)家團(tuán)隊(duì)建立的一個名為 Cancer-Immu 的新數(shù)據(jù)門戶可以幫助癌癥臨床醫(yī)生和研究人員預(yù)測哪些患者會對免疫檢查點(diǎn)抑制劑產(chǎn)生反應(yīng)。Cancer-Immu 擁有來自 16 種癌癥類型的 3,652 個樣本的數(shù)據(jù)，是探索免疫基因組連接的最大的免疫檢查點(diǎn)阻斷相關(guān)數(shù)據(jù)門戶。
該團(tuán)隊(duì)在 12 月 13 日發(fā)表于癌癥研究的論文中提供了有關(guān)開放訪問門戶的詳細(xì)信息。Cancer-Immu 整合了大規(guī)模多維組學(xué)數(shù)據(jù)，包括遺傳、批量和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和動態(tài)基因組圖譜。它還整合了臨床表型。
雖然免疫檢查點(diǎn)抑制劑可以挽救一些癌癥患者的生命，但大多數(shù)患者對免疫療法沒有反應(yīng)。研究人員正在努力識別預(yù)測反應(yīng)的生物標(biāo)志物，Cancer-Immu 為解開免疫基因組連接提供了一個全面的功能門戶。
“它提供了對免疫原性數(shù)據(jù)的便捷訪問，并使研究人員能夠?qū)⒔M學(xué)數(shù)據(jù)集轉(zhuǎn)化為生物學(xué)見解和臨床應(yīng)用，”VUMC 生物統(tǒng)計(jì)學(xué)系主任、癌癥研究和癌癥研究中心 Harold L. Moses 主席 Yu Shyr 博士說。該論文的資深作者之一。根據(jù)生物統(tǒng)計(jì)學(xué)副教授和該論文的另一位資深作者 Qi Liu 博士的說法，“與具有免疫檢查點(diǎn)阻斷反應(yīng)結(jié)果的現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫相比，Cancer-Immu 涵蓋了最多數(shù)量的數(shù)據(jù)集和組學(xué)數(shù)據(jù)類型。”
數(shù)據(jù)門戶中的癌癥類型包括黑色素瘤、非小細(xì)胞肺癌、轉(zhuǎn)移性尿路上皮癌、腎細(xì)胞癌、膀胱癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、結(jié)直腸癌、頭頸癌、食管胃癌、原發(fā)性不明的癌癥、胃癌、乳腺癌、肝細(xì)胞癌、前列腺癌、基底細(xì)胞癌和非黑色素瘤皮膚癌。
借助 Cancer-Immu 門戶，臨床醫(yī)生和研究人員可以上傳和分析他們自己的數(shù)據(jù)或同時(shí)與現(xiàn)有數(shù)據(jù)進(jìn)行共同分析。他們可以使用薈萃分析或泛癌分析。該門戶網(wǎng)站收集了三種組學(xué)數(shù)據(jù)：遺傳、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)。泛癌模塊將多個數(shù)據(jù)集聚合為一個，增強(qiáng)了對稀有特征的檢測和分析。生物統(tǒng)計(jì)學(xué)家在研究中指出，雖然薈萃分析(針對同一問題的獨(dú)立研究的統(tǒng)計(jì)評估)未能檢測到顯著的基因突變，但泛癌分析(對多種癌癥類型進(jìn)行更廣泛的評估)檢測到 182突變基因與免疫檢查點(diǎn)抑制劑顯著相關(guān)。
“Cancer-Immu 有助于解決評估已知生物標(biāo)志物的功效和發(fā)現(xiàn)新特征的不足和挑
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