奧蘭多，2021 年 9 月 8 日——根據(jù)一項(xiàng)新的研究，世界上最大的野生植物、動(dòng)物和真菌原始基因組序列存儲(chǔ)庫(kù)缺少監(jiān)測(cè)和保護(hù)地球生物多樣性所需的關(guān)鍵數(shù)據(jù)。
缺失的數(shù)據(jù)包括收集有機(jī)體樣本的時(shí)間和地點(diǎn)，這是監(jiān)測(cè)種群遺傳多樣性所必需的。
該研究最近發(fā)表在《美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院刊》上。
Michelle Gaither 是 UCF 生物學(xué)系的助理教授，也是這項(xiàng)新研究的合著者。
“大量資金被用于生成這些基因組數(shù)據(jù)，但由于缺乏元數(shù)據(jù)，大多數(shù)對(duì)生物多樣性監(jiān)測(cè)沒(méi)有用處，”UCF生物學(xué)系助理教授、該研究的合著者米歇爾蓋瑟說(shuō)。“時(shí)空元數(shù)據(jù)缺失造成的投資損失總計(jì)數(shù)千萬(wàn)美元，而且這個(gè)數(shù)額只會(huì)增加。”
該存儲(chǔ)庫(kù) - 國(guó)際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)合作的序列讀取檔案 (SRA) - 是原始基因組序列的領(lǐng)先集合，其中包含來(lái)自全球野生植物、動(dòng)物和真菌物種的超過(guò) 600 TB 的數(shù)據(jù)?？茖W(xué)家們繼續(xù)以指數(shù)速度將基因組數(shù)據(jù)存入 SRA。
“然而，如果沒(méi)有時(shí)間和位置元數(shù)據(jù)，我們就無(wú)法監(jiān)測(cè)遺傳多樣性的變化，”蓋瑟說(shuō)。
在這項(xiàng)研究中，研究人員對(duì) SRA 中的公開(kāi)數(shù)據(jù)進(jìn)行了搜索。他們?cè)u(píng)估了 SRA 數(shù)據(jù)在監(jiān)測(cè)生物多樣性方面的潛在用途，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)存檔的基因組數(shù)據(jù)集缺乏遺傳生物多樣性監(jiān)測(cè)所需的時(shí)間和空間元數(shù)據(jù)，只有 14% 的 SRA 數(shù)據(jù)集包含有關(guān)生物體采樣時(shí)間和地點(diǎn)的信息。
研究人員隨后對(duì)缺少緯度和經(jīng)度坐標(biāo)的野生種群的 800 多個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行了勞動(dòng)密集型搜索，以填補(bǔ)缺失的數(shù)據(jù)。他們的活動(dòng)聯(lián)系了為資料庫(kù)做出貢獻(xiàn)以收集數(shù)據(jù)的科學(xué)家。盡管做出了這些努力，該團(tuán)隊(duì)只能獲得大約 33% 的 SRA 數(shù)據(jù)集的地理空間坐標(biāo)和收集年份。
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