科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，當(dāng)新型病毒(導(dǎo)致新冠的病毒)遇到被稱為抑制劑的藥物時(shí)，會(huì)出現(xiàn)新的意想不到的行為。這些藥物與病毒的某些成分結(jié)合，阻斷其復(fù)制能力。
該研究發(fā)表于《藥物化學(xué)雜志》，為促進(jìn)新冠的藥物設(shè)計(jì)和藥物再利用提供了重要見解。
能源部橡樹嶺國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的研究人員利用中子散射研究了治療丙型肝炎病毒感染的藥物特拉普韋和負(fù)責(zé)病毒繁殖的酶新型蛋白酶之間的相互作用。
他們?cè)诘鞍酌傅乃幬锝Y(jié)合位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了不可預(yù)測(cè)的電荷變化，這是計(jì)算機(jī)模擬無法預(yù)測(cè)的。
第一作者丹尼爾科內(nèi)爾說：“我們發(fā)現(xiàn)了這種特殊的蛋白質(zhì)——新型主要蛋白酶——許多研究人員正在通過計(jì)算方法研究它，這顯示了令人驚訝的方式?！薄拔覀兊陌l(fā)現(xiàn)為改進(jìn)計(jì)算機(jī)建模提供了重要的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，從而使模擬更加符合實(shí)際情況?！?
病毒通過組裝一條由近2000個(gè)氨基酸組成的蛋白質(zhì)或多肽長(zhǎng)鏈進(jìn)行傳播，必須被主要蛋白酶切割成更小的鏈。尋找能有效阻斷或抑制蛋白酶功能的藥物，以防止病毒復(fù)制并傳播到體內(nèi)其他健康細(xì)胞，這一點(diǎn)非常重要。
在之前的研究中，研究團(tuán)隊(duì)使用中子和X射線散射來構(gòu)建新型蛋白酶中每個(gè)原子的完整圖譜。他們確定了藥物抑制劑和蛋白酶的結(jié)合位點(diǎn)，并繪制了將蛋白酶結(jié)合在一起的氫鍵網(wǎng)絡(luò)。他們還確定了發(fā)生多蛋白切割的蛋白酶氨基酸位點(diǎn)的正電荷、負(fù)電荷和中性電荷的位置。
“在這項(xiàng)研究中，我們發(fā)現(xiàn)當(dāng)Dantras Pravir與主要蛋白酶結(jié)合時(shí)，結(jié)合位點(diǎn)的質(zhì)子化狀態(tài)發(fā)生了變化(質(zhì)子增加或減少)，這意味著氫原子的位置發(fā)生了變化；本質(zhì)上，一些氨基酸位點(diǎn)增加或減少了氫原子，從而改變了它們的電荷。”O(jiān)RNL記者安德烈科瓦列夫斯基說。
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