加州歐文2021年1月27日訊，由加州大學(xué)歐文分校領(lǐng)導(dǎo)的一項(xiàng)新研究發(fā)現(xiàn)了一種識(shí)別生物標(biāo)志物的新方法，可以幫助早期癌癥診斷。這項(xiàng)研究的重點(diǎn)是肺癌，但細(xì)胞異質(zhì)性調(diào)節(jié)的甲基化甲基化(CHALM)也已被測(cè)試用于衰老和阿爾茨海默病，有望用于研究其他疾病。
“我們發(fā)現(xiàn)CHALM方法可能是一個(gè)有價(jià)值的工具，可以幫助研究人員從基于序列的甲基化數(shù)據(jù)中識(shí)別更可靠的差異甲基化基因，”生物系生物信息學(xué)教授李莉和Grace B. Bell教授說(shuō)。UCI醫(yī)學(xué)院化學(xué)專業(yè)。“對(duì)于臨床醫(yī)生來(lái)說(shuō)，這種方法可以幫助他們識(shí)別更有用的生物標(biāo)志物，從而幫助癌癥診斷，而傳統(tǒng)方法忽略了這些生物標(biāo)志物?！?
該研究發(fā)表于《自然通訊》，題目為“細(xì)胞異質(zhì)性調(diào)節(jié)甲基化(CHALM)改善基因表達(dá)預(yù)測(cè)”，顯示了從測(cè)序數(shù)據(jù)計(jì)算DNA甲基化水平時(shí)考慮細(xì)胞異質(zhì)性的重要性。
“在將我們的CHALM方法應(yīng)用于肺癌數(shù)據(jù)集后，我們可以識(shí)別與生物功能相關(guān)的更可靠的差異甲基化基因。我們的CHALM方法的應(yīng)用可能會(huì)導(dǎo)致更好的早期癌癥檢測(cè)，”李說(shuō)。
研究人員利用傳統(tǒng)方法鑒定癌癥生物標(biāo)志物，發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)與啟動(dòng)子甲基化的相關(guān)性較弱，尤其是對(duì)于甲基化程度較低的基因。這項(xiàng)新的研究發(fā)現(xiàn)，CHALM方法可以更可靠地識(shí)別傳統(tǒng)方法無(wú)法檢測(cè)到的甲基化標(biāo)志物。
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