由倫敦國(guó)王學(xué)院癌癥與藥物科學(xué)學(xué)院和免疫學(xué)與微生物科學(xué)學(xué)院以及弗朗西斯克里克研究所癌癥系統(tǒng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的一組研究人員在 Francesca Ciccarelli 教授的帶領(lǐng)下發(fā)表了新論文，展示了用于分析復(fù)雜藥物的新型軟件組織成像數(shù)據(jù)。
最近開(kāi)發(fā)的多路復(fù)用成像技術(shù)，例如成像質(zhì)譜流式細(xì)胞儀 (IMC)，能夠詳細(xì)研究組織細(xì)胞組成，這對(duì)于繪制疾病的組織水平特征和預(yù)測(cè)依賴于組織環(huán)境的治療結(jié)果具有特殊價(jià)值，例如癌癥免疫治療。這些技術(shù)通常會(huì)產(chǎn)生大量難以分析的高維數(shù)據(jù)，并且通常需要多種工具和具有計(jì)算專業(yè)知識(shí)的用戶。
SIMPLI(來(lái)自多重圖像的單細(xì)胞識(shí)別)是一種靈活的軟件，它統(tǒng)一了多重成像數(shù)據(jù)分析的所有步驟，也為非專業(yè)人士提供了高維成像數(shù)據(jù)分析的改進(jìn)替代方案。SIMPLI 對(duì)每個(gè)組織載玻片進(jìn)行空間分辨的單細(xì)胞分析，并對(duì)標(biāo)記表達(dá)進(jìn)行與細(xì)胞無(wú)關(guān)的量化，以研究在細(xì)胞水平上無(wú)法檢測(cè)到的特征。它還生成表格和圖形輸出，便于在分析的每個(gè)步驟中對(duì)結(jié)果進(jìn)行目視檢查。
“幾年前我們開(kāi)始使用高維 IMC 數(shù)據(jù)時(shí)，用于分析的工具并不多。多虧了博士 Michele Bortolomeazzi 的才華，開(kāi)發(fā)我們自己的工具非常有趣. 由 CRUK KHP 中心資助的學(xué)生，并利用 Jo Spencer 教授在組織組織學(xué)方面的豐富專業(yè)知識(shí)，”Francesca Ciccarelli 教授說(shuō)。
為了測(cè)試 SIMPLI 的性能和多功能性，研究人員分析了使用不同成像技術(shù)(包括但不限于 IMC)獲得的圖像，這些圖像的來(lái)源、大小和分辨率各不相同。
倫敦國(guó)王學(xué)院是歐洲首批擁有 Helios 成像質(zhì)譜流式細(xì)胞儀的機(jī)構(gòu)之一，可在 BRC 流式細(xì)胞儀平臺(tái)上使用。
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