由邁阿密大學(xué)米勒醫(yī)學(xué)院西爾維斯特綜合癌癥中心、紀(jì)念斯隆凱特琳癌癥中心和威爾康奈爾醫(yī)學(xué)院的科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的一項(xiàng)大型研究項(xiàng)目發(fā)現(xiàn)，全基因組測(cè)序 (WGS) 可以提供更多信息經(jīng)典霍奇金淋巴瘤 (cHL) 與外顯子組測(cè)序相比，外顯子組測(cè)序僅讀取蛋白質(zhì)編碼基因。
該團(tuán)隊(duì)表明，WGS 可以更容易地檢測(cè) DNA 結(jié)構(gòu)變異，例如基因重復(fù)，并提供更精確的數(shù)據(jù)來(lái)跟蹤與疾病進(jìn)展相關(guān)的突變。該研究發(fā)表在《血癌發(fā)現(xiàn)》雜志上。
“我們發(fā)現(xiàn)，通過(guò)使用全基因組測(cè)序，我們幾乎可以讀取基因組蛋白質(zhì)編碼區(qū)和非編碼區(qū)的所有突變，以及結(jié)構(gòu)和拷貝數(shù)變異，”首席醫(yī)師 Craig Moskowitz 醫(yī)學(xué)博士說(shuō)，西爾維斯特的腫瘤服務(wù)熱線，米勒學(xué)院的醫(yī)學(xué)教授，也是該研究的合著者。“我們發(fā)現(xiàn)了許多以前從未記錄過(guò)的基因組事件。這是我們發(fā)現(xiàn)的識(shí)別新癌癥驅(qū)動(dòng)因素的最佳技術(shù)。”
雖然外顯子組測(cè)序非常富有成效，可以檢測(cè)到點(diǎn)突變和其他導(dǎo)致癌癥的變異，但它描繪了一幅不完整的圖景。非編碼基因組區(qū)域的突變也可以控制基因表達(dá)。此外，WGS 識(shí)別出范圍廣泛的結(jié)構(gòu)變異，包括染色體碎裂，其中受損的染色體看起來(lái)像是被大錘擊中過(guò)。
突變特征和腫瘤年表
該研究確定了 cHL 中的許多此類問(wèn)題，并發(fā)現(xiàn)了與化療相關(guān)的突變特征。也許最重要的是，WGS 提供了對(duì)癌癥如何演變的時(shí)間洞察力。重建腫瘤年表可能在治療選擇中發(fā)揮重要作用。
“了解腫瘤如何隨時(shí)間發(fā)展非常重要，”西爾維斯特骨髓瘤基因組實(shí)驗(yàn)室的聯(lián)合負(fù)責(zé)人、醫(yī)學(xué)助理教授、該研究的第一作者 Francesco Maura 說(shuō)。“我們需要知道獲得了哪些突變以及以什么順序獲得。如果我們開(kāi)具靶向治療，我們希望它針對(duì)整個(gè)腫瘤共有的基因組改變，而不是后來(lái)出現(xiàn)且相對(duì)罕見(jiàn)的亞克隆。”
由于 cHL 細(xì)胞(稱為霍奇金和里德斯騰伯格細(xì)胞)罕見(jiàn)且難以研究，該團(tuán)隊(duì)不得不發(fā)明一種復(fù)雜的分選系統(tǒng)來(lái)分離足夠多的細(xì)胞。這些細(xì)胞后來(lái)被擴(kuò)增以有效地對(duì)它們進(jìn)行測(cè)序。這種方法與 WGS 相結(jié)合，可以為 cHL 和其他癌癥提供許多新見(jiàn)解。
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