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尋求對所有動物的基因組進行測序的巨大差距

導讀 華盛頓州普爾曼——根據華盛頓州立大學領導的一項分析,對世界動物基因組進行測序的努力往往集中在那些與人類最相似的動物身上,而這項工作

華盛頓州普爾曼——根據華盛頓州立大學領導的一項分析,對世界動物基因組進行測序的努力往往集中在那些與人類最相似的動物身上,而這項工作幾乎完全在全球北部進行。

在《美國國家科學院院刊》上發(fā)表的一篇論文中,來自 WSU 和楊百翰大學的研究人員警告說,目前的努力忽視了大量的多樣性和機會。

分析發(fā)現,近 3,300 種動物物種的基因組已被測序和組裝,這一過程為生物體的 DNA 提供了組織背景。雖然這個速度正在加快,但與世界上 166 萬種動物相比,這個數字很小,而脊椎動物占當前序列的最大份額。盡管僅代表動物物種的 3.9%,但它們占所有集會的 54%。相比之下,節(jié)肢動物門的無脊椎動物(包括昆蟲和蜘蛛)僅占當前數據集的 34%,而占所有物種的 78.5%。

“隨著基因組組裝的迅速積累,我們想考慮我們的努力在哪里。它并沒有均勻地分布在整個動物生命之樹上,”主要作者、WSU 博士后研究員 Scott Hotaling 說。“無脊椎動物的代表性仍然非常低,考慮到人們似乎更關心脊椎動物,即所謂的‘有魅力的巨型動物群’,這是有道理的。”

包括類人猿和人類在內的人科擁有最連續(xù)的基因組數據,但人類基因組并不是最長的:這個稱號屬于澳大利亞肺魚。在所有基因組數據中,只有五個節(jié)肢動物群得到了很好的代表:蜜蜂、蝴蝶、蚊子、果蠅和螞蟻——所有這些都以它們對人類造成的效用或問題而著稱。

“我們對自己感興趣,這不一定是件壞事,”該論文的通訊作者、楊百翰大學助理教授保羅弗蘭德森說。“但要開始了解整個生態(tài)系統(tǒng),我們必須開始對更多種類的生命進行采樣,以獲得更清晰的圖景。脊椎動物是生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分,但可以說昆蟲和許多其他小生物可能扮演更重要的角色,因為它們處于食物網的底部。”

作者 Hotaling、Frandsen 和 WSU 副教授 Joanna Kelley 還指出,絕大多數基因測序工作發(fā)生在通常稱為全球北部的發(fā)達國家,因為大多數位于北半球。美國、中國和瑞士這三個國家的產量最多。不同地區(qū)甚至有某些傾向,其中北美對哺乳動物和昆蟲進行了最多的測序,歐洲對魚類進行了排序,亞洲對鳥類進行了排序。

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