組織標(biāo)本的成像是轉(zhuǎn)化研究的一個重要方面，它彌合了基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)室科學(xué)和臨床科學(xué)之間的差距，以提高對癌癥的理解并幫助開發(fā)新療法。為了充分發(fā)揮圖像分析的潛力，理想情況下，科學(xué)家們需要一個能夠同時查看多個圖像的應(yīng)用程序。在《模式》雜志上發(fā)表的一篇文章中，莫菲特癌癥中心的研究人員描述了他們開發(fā)的一種新的開源軟件程序，該程序允許用戶同時查看許多多路復(fù)用圖像。
在過去十年中，研究癌癥的方法有了顯著改進(jìn)，包括研究組織樣本的新技術(shù)。例如，現(xiàn)在可以對機(jī)器進(jìn)行編程以同時對數(shù)百張載玻片進(jìn)行染色，或者，可以將多達(dá) 1,000 個不同的組織樣本核心放置在一張載玻片上，同時對生物標(biāo)志物進(jìn)行染色。隨著這些方法的出現(xiàn)，產(chǎn)生新數(shù)據(jù)和信息的可能性越來越大。由于這些信息的量級和癌癥本身的復(fù)雜性，需要計算建模和軟件來查看和研究這些樣本之間的癌癥生物標(biāo)志物、組織結(jié)構(gòu)和細(xì)胞相互作用。
當(dāng) Moffitt 綜合數(shù)學(xué)腫瘤科 (IMO) 的研究人員正在開展一個項(xiàng)目時，他們意識到當(dāng)前可用的圖像查看軟件無法滿足他們的需求。
“我們有興趣了解腫瘤和免疫細(xì)胞之間的潛在空間模式以及腫瘤是如何組織的。這需要我們同時比較多個圖像，我們意識到?jīng)]有免費(fèi)或商業(yè)的軟件可以實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)，”Sandhya Prabhakaran 說，博士，Moffitt 的主要作者和應(yīng)用研究科學(xué)家。
IMO 團(tuán)隊(duì)決定創(chuàng)建一個軟件程序，使他們能夠同時查看多張圖像，并通過可用于多種目的的額外分析提取數(shù)據(jù)，包括識別生物標(biāo)志物和了解組織結(jié)構(gòu)和不同部位的空間組織。細(xì)胞類型。他們的程序稱為 Mistic，從多維圖像中獲取信息，并使用稱為 t 分布隨機(jī)鄰域嵌入 (t-SNE) 的降維方法將每個圖像抽象為縮減空間中的一個點(diǎn)。Mistic 是一款開源軟件，可用于來自 Vectra、CyCIF、t-CyCIF 和 CODEX 的圖像。
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