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機器學習揭示基因轉錄

導讀 由 UT 西南醫(yī)學中心的研究人員領導的一個團隊開發(fā)了深度學習模型,以確定一組簡單的規(guī)則來控制啟動子的活動,啟動子是啟動基因產生蛋白質...

由 UT 西南醫(yī)學中心的研究人員領導的一個團隊開發(fā)了深度學習模型,以確定一組簡單的規(guī)則來控制啟動子的活動,啟動子是啟動基因產生蛋白質過程的 DNA 區(qū)域。

他們的研究結果發(fā)表在《科學》雜志上,可以使人們更好地理解啟動子如何促進基因調控。健康和疾病的

“雖然啟動子對于每個基因的功能都是必不可少的,但我們對這些遺傳元件如何發(fā)揮作用的理解如何運作的理解并不完整,盡管數(shù)十年的研究已經定義了它們的許多特征。我們的研究為這些序列如何在人類和其他哺乳動物中發(fā)揮作用提供了新的線索, ” UT 西南大學 Lyda Hill 生物信息學系助理教授周健博士說。

周博士與第一作者、周實驗室研究生 Kseniia Dudnyk 和德克薩斯大學西南兒童醫(yī)學中心研究所前研究員 Ken Xu 博士共同領導了這項研究。

細胞用來執(zhí)行其活動的蛋白質的產生始于一個稱為轉錄的過程。此時,RNA 聚合酶蛋白會附著在 DNA 鏈上,并將編碼信息復制(或轉錄)到 RNA 分子中。 RNA 聚合酶附著并開始轉錄的區(qū)域稱為啟動子。

在人類中,啟動子通常由數(shù)百個堿基對(構成 DNA 的單位)組成。盡管研究人員已經確定了一些 DNA 啟動子區(qū)域共享的共同堿基對序列,但這些序列在人類啟動子中通常不存在,使得 DNA 序列如何指導轉錄過程的規(guī)則尚不清楚。

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