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新的機(jī)器學(xué)習(xí)方法更擅長(zhǎng)發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)中的酶金屬

導(dǎo)讀 勞倫斯——上賽季,堪薩斯城酋長(zhǎng)隊(duì)四分衛(wèi)帕特里克·馬霍姆斯的傳球完成率為 66 3。但是,與 MAHOMES 的準(zhǔn)確性相比,Mahomes 令人印象深

勞倫斯——上賽季,堪薩斯城酋長(zhǎng)隊(duì)四分衛(wèi)帕特里克·馬霍姆斯的傳球完成率為 66.3。

但是,與 MAHOMES 的準(zhǔn)確性相比,Mahomes 令人印象深刻的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)相形見(jiàn)絀,這是一種由堪薩斯大學(xué)開(kāi)發(fā)的機(jī)器學(xué)習(xí)模型 MAHOMES -友好且便宜的藥物療法和其他工業(yè)產(chǎn)品。

MAHOMES 不是針對(duì)廣泛的接收器,而是以 92.2% 的準(zhǔn)確率區(qū)分蛋白質(zhì)中的酶促金屬和非酶促金屬。KU 的一個(gè)團(tuán)隊(duì)最近在Nature Communications上發(fā)表了關(guān)于這種區(qū)分酶的機(jī)器學(xué)習(xí)方法的結(jié)果。

“酶是非常有趣的蛋白質(zhì),可以完成所有化學(xué)反應(yīng)——酶對(duì)某物進(jìn)行化學(xué)反應(yīng),將其從一種東西轉(zhuǎn)化為另一種東西,”相應(yīng)作者、KU 分子生物科學(xué)和計(jì)算生物學(xué)副教授喬安娜·斯盧斯基 (Joanna Slusky) 說(shuō)。“你帶進(jìn)你身體的一切,你的身體都會(huì)把它分解成新的東西,分解成新東西的過(guò)程——所有這一切都?xì)w功于酶。”

Slusky 和她實(shí)驗(yàn)室的研究生合作者Ryan Feehan(命名 MAHOMES 的酋長(zhǎng)隊(duì)球迷)和 KU計(jì)算生物學(xué)中心的Meghan Franklin試圖使用計(jì)算機(jī)來(lái)區(qū)分不進(jìn)行化學(xué)反應(yīng)的金屬蛋白和金屬酶以驚人的力量和效率促進(jìn)化學(xué)反應(yīng)。

問(wèn)題是金屬蛋白和金屬酶在許多方面是相同的。

“人們并不完全了解酶的工作原理,”Slusky 說(shuō)。“對(duì)于任何給定的酶,你可以說(shuō),'好吧,你知道,它會(huì)去掉這個(gè)氫并帶上 -OH 基團(tuán),'或者它所做的任何事情。但如果我給你一種你以前從未見(jiàn)過(guò)的蛋白質(zhì),然后我問(wèn),‘最后會(huì)怎樣?哪一邊會(huì)產(chǎn)生反應(yīng)?”作為科學(xué)家,甚至作為酶學(xué)家,您可能無(wú)法告訴我?,F(xiàn)在,其中一個(gè)關(guān)鍵是大約 40% 的酶使用金屬進(jìn)行催化——因此它們的蛋白質(zhì)與金屬結(jié)合,然后發(fā)生變化的任何東西都會(huì)進(jìn)入該活性位點(diǎn)并發(fā)生變化。我們看到這些金屬結(jié)合蛋白和金屬酶,它們是結(jié)合金屬的酶,

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