通過在分子水平上識(shí)別癌癥的驅(qū)動(dòng)因素，對(duì)腫瘤基因組進(jìn)行測(cè)序的能力在過去 15 年中徹底改變了癌癥治療。但由于目前基因組測(cè)序的局限性，了解腫瘤內(nèi)單個(gè)細(xì)胞的遺傳多樣性以及它如何影響疾病進(jìn)展仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)。
使用基于微流體液滴的單細(xì)胞測(cè)序方法，南加州大學(xué)的研究人員同時(shí)對(duì)近 1,500 個(gè)單細(xì)胞的基因組進(jìn)行了測(cè)序，揭示了先前隱藏在經(jīng)過充分研究的黑色素瘤細(xì)胞系中的遺傳多樣性。
該研究剛剛發(fā)表在Nature Communications Biology上，展示了單細(xì)胞測(cè)序揭示癌細(xì)胞可能進(jìn)化軌跡的能力。
南加州大學(xué)凱克醫(yī)學(xué)院轉(zhuǎn)化基因組學(xué)研究所聯(lián)合主任 David Craig 博士說：“我們使用這種方法來檢查標(biāo)準(zhǔn)癌細(xì)胞系，并在許多不同的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了數(shù)千次檢查。”研究作者。“這里真正令人驚訝的是，利用這項(xiàng)技術(shù)，我們發(fā)現(xiàn)了我們沒有預(yù)料到的復(fù)雜性。這條線實(shí)際上一直是不同類型細(xì)胞的混合物。重新審視這條線上數(shù)十年來的先前工作——現(xiàn)在有了這些新信息——我們有了新的對(duì)腫瘤進(jìn)化的見解。”
獲得癌癥復(fù)雜性的高分辨率視圖
目前，腫瘤的遺傳信息通常是通過對(duì)數(shù)百萬個(gè)腫瘤細(xì)胞一起進(jìn)行測(cè)序而不是單獨(dú)測(cè)序來獲得的。雖然這種方法提供了組織基因組成的廣泛視角，但它可能會(huì)漏掉腫瘤內(nèi)與大多數(shù)細(xì)胞不同的少量癌細(xì)胞。
使用其他分析單個(gè)細(xì)胞 DNA 的方法，這個(gè)過程很費(fèi)力，只需數(shù)周時(shí)間來處理幾個(gè)細(xì)胞，并且需要大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室沒有的資源。
對(duì)于這項(xiàng)研究，研究人員使用了一種稱為“單細(xì)胞拷貝數(shù)分析”的新興技術(shù)。由 10X Genomics 開發(fā)，采用新穎的分析方法，將這些結(jié)果與歷史方法的結(jié)果相結(jié)合。
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