HOXA9 蛋白在大多數(shù)急性髓系白血病 (AML) 病例中過度表達，并與患者預后不良相關。然而，HOXA9 是一種難以靶向治療的蛋白質(zhì)，因此圣裘德兒童研究醫(yī)院的研究人員尋找間接消滅它的方法。
研究人員利用 CRISPR/Cas9 篩選，鑒定出了 RBM5，證明了 RBM5 表達與白血病細胞增殖之間的因果關系。這種聯(lián)系是由 RBM5 作為基因表達中的 DNA 和 RNA 處理程序的新型雙重功能驅(qū)動的。該研究今天發(fā)表在《基因組生物學》上。
HOXA9 蛋白過度表達是 AML 的一個標志，存在于超過 70% 的病例中，通常預后不良。雖然這表明它是一個有用的藥物靶點，但該蛋白質(zhì)作為轉(zhuǎn)錄因子的作用使其“無法成藥”，因為干擾 HOXA9 的藥物可能會產(chǎn)生許多其他脫靶效應。
這啟發(fā)研究人員通過研究 HOXA9 協(xié)同工作并依賴其發(fā)揮作用的蛋白質(zhì)，以不同的方式解決這個問題。本文的共同通訊作者、St. Jude腫瘤細胞生物學系的Chunliang Li博士就是這樣的研究員之一。通過他最近的工作，設計了一種公正的 CRISPR 篩選策略來識別 HOXA9 的靶點，他發(fā)現(xiàn)了一個機會網(wǎng)絡。
“自2017年我的實驗室成立以來，這是我們持續(xù)不斷的努力，”李說，“我們在2019年初建立了這個獨特的報告系統(tǒng)，這是第一個真正代表這些白血病系統(tǒng)中HOXA9表達的報告系統(tǒng)。”
CRISPR/Cas9 篩選方法設計非常簡單，但非常有效。它涉及將熒光標簽附加到 HOXA9 基因并將其插入白血病細胞系中。這使得研究人員能夠通過觀察細胞中的熒光來追蹤表達水平的差異。
“我們希望找到一種更具針對性或新穎的調(diào)節(jié)因子。因此，我們進行了無偏見的全基因組 CRISPR 篩選，以靶向細胞中表達的所有基因，”Li 說。這使得研究人員能夠檢查 HOXA9 留下熒光指紋的不同途徑。
令研究人員驚訝的是，剪接因子似乎是最具代表性的途徑。
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