在最近發(fā)表在PLOSBiology上的一篇文章中，來(lái)自世界各地的45名病毒學(xué)家、進(jìn)化生物學(xué)家、生物信息學(xué)家和結(jié)構(gòu)生物學(xué)家組成的團(tuán)隊(duì)就病毒分類(lèi)方法達(dá)成了共識(shí)，并提出了病毒系統(tǒng)學(xué)和分類(lèi)學(xué)的綜合分類(lèi)學(xué)框架。
與所有與生命形式分類(lèi)相關(guān)的分類(lèi)學(xué)領(lǐng)域一樣，病毒分類(lèi)學(xué)根據(jù)新方法和新發(fā)現(xiàn)經(jīng)歷了多次修訂和更新。早期的病毒分類(lèi)和命名是基于形態(tài)學(xué)、核酸類(lèi)型以及病毒對(duì)使用低pH值、高溫和有機(jī)溶劑滅活的敏感性等特征?；蚪M學(xué)和高通量和下一代測(cè)序等技術(shù)的出現(xiàn)導(dǎo)致將基因組水平分類(lèi)作為病毒分類(lèi)學(xué)的要求。
鑒于基于表型分類(lèi)、體外培養(yǎng)和菌株分離的病毒多樣性估計(jì)在比基于基因組數(shù)據(jù)的多樣性估計(jì)低得多的規(guī)模上估計(jì)病毒物種多樣性，病毒學(xué)家爭(zhēng)論的話題是病毒的表型特性是否如宿主范圍、細(xì)胞培養(yǎng)物中的病毒分離、致病性、形態(tài)學(xué)等應(yīng)成為病毒分類(lèi)學(xué)的必要標(biāo)準(zhǔn)。
國(guó)際病毒分類(lèi)委員會(huì)(ICTV)于2016年召集了一個(gè)委員會(huì)，允許將僅根據(jù)基因組數(shù)據(jù)已知的病毒納入病毒分類(lèi)，從而鑒定出大量新的病毒類(lèi)群。與大型生命形式分類(lèi)學(xué)中的趨勢(shì)類(lèi)似，這突出了對(duì)統(tǒng)一、集成的分類(lèi)學(xué)方法的需求，其中包括傳統(tǒng)的基于形態(tài)學(xué)的分類(lèi)，以及基于宏基因組學(xué)的進(jìn)化分類(lèi)法。
考慮到統(tǒng)一的分類(lèi)學(xué)框架，45名病毒學(xué)家、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化生物學(xué)家以及生物信息學(xué)家參加了2022年4月在英國(guó)牛津舉行的會(huì)議，討論方法論并就統(tǒng)一的病毒分類(lèi)學(xué)框架達(dá)成共識(shí)。他們討論了新開(kāi)發(fā)的基于遺傳數(shù)據(jù)的分類(lèi)方法與病毒學(xué)家數(shù)十年來(lái)開(kāi)發(fā)的表型分類(lèi)方法的協(xié)調(diào)，其中除了形態(tài)學(xué)外，還包括流行病學(xué)和病毒宿主生態(tài)學(xué)等一系列特性。
該團(tuán)隊(duì)提出的建議以病毒分類(lèi)學(xué)的四項(xiàng)原則的形式出現(xiàn)。第一條原則指出，病毒的分類(lèi)應(yīng)反映其進(jìn)化歷史，這意味著分類(lèi)分配必須基于進(jìn)化關(guān)系中的單系?；跇?biāo)志基因的進(jìn)化模式，這些基因通常是病毒基因組中與病毒體形成和復(fù)制相關(guān)的模塊，可以將病毒分配到反映不同進(jìn)化起源的獨(dú)立領(lǐng)域。
第二個(gè)原則討論了使用病毒特性來(lái)指導(dǎo)根據(jù)進(jìn)化關(guān)系確定的較大分類(lèi)群中的等級(jí)分配。大約有15個(gè)分類(lèi)等級(jí)，包括相對(duì)兩端的領(lǐng)域和物種，病毒在這些等級(jí)中的分配應(yīng)遵循進(jìn)化模式、基因組特性和表型特征的順序。物種級(jí)分類(lèi)可以使用宿主范圍、流行病學(xué)或疾病關(guān)聯(lián)等特征，只要這些類(lèi)別也導(dǎo)致單系分類(lèi)。
然而，根據(jù)第三條原則，雖然擬議的綜合分類(lèi)學(xué)方法為病毒的進(jìn)化分類(lèi)提供了框架，但基于流行病學(xué)或其他監(jiān)管特性的替代分類(lèi)方法在特定情況下是有價(jià)值的。這些方法，如巴爾的摩分類(lèi)，可能不遵循進(jìn)化模式，可能包括多系群，但具有臨床和流行病學(xué)價(jià)值，如人類(lèi)免疫缺陷病毒和蟲(chóng)媒病毒的情況。
最后一條原則指出，對(duì)于只有基因組數(shù)據(jù)而沒(méi)有其他病毒特征的病毒，宏基因組數(shù)據(jù)將經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制，以確保序列的完整性和準(zhǔn)確性。雖然ICTV沒(méi)有規(guī)定新病毒的分類(lèi)學(xué)分配需要多序列，雖然多序列將提供完整基因組和遺傳多樣性的信息，但正在制定一套指南來(lái)指導(dǎo)宏基因組數(shù)據(jù)提交到公開(kāi)用于分類(lèi)學(xué)分類(lèi)的可訪問(wèn)數(shù)據(jù)庫(kù)。
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